Сидя на барабане, Наполеон наблюдал за ходом битвы из небольшой лощины около того места, где теперь в Асперне черепичный завод, примерно на полпути между двумя деревнями. Он приказал Бессьеру с четырьмя дивизиями удерживать центр (та же роль досталась Мюрату под Прейсиш-Эйлау), и это удалось после четырех масштабных кавалерийских атак. В это же время Наполеон, стремясь помочь защитникам Асперна, сосредоточил артиллерийский огонь на чересчур приблизившейся кавалерии австрийцев. К 16:30 наступление (вслед за сильной бомбардировкой) трех австрийских колонн принудило французов оставить аспернскую церковь с кладбищем. Час спустя в бой ввели дивизию Леграна. 26-й полк линейной пехоты сумел отбить Асперн, однако уже через полчаса Карл лично повел в атаку шесть батальонов, имея еще тринадцать в резерве: «За родину! Смело вперед!» (Рассказывают, что знамя нес сам эрцгерцог, однако впоследствии он это отрицал.) Деревня загорелась, французы были выбиты.
Несмотря на потерю еще нескольких мостов, генерал Клод Карра де Сен-Сир (не родич Гувиона де Сен-Сира) из 4-го корпуса Массена сумел переправить свою дивизию через Дунай и поспешил к Асперну, снова заняв южную окраину деревни. Сражение длилось до 21 часа. Около 8000 австрийцев и 7000 французов заночевали на поле боя. К 22 часам по восстановленному мосту реку перешли 14 батальонов французской гвардии, корпус Ланна и артиллерия (таким образом, теперь у Наполеона имелось 152 батальона), однако корпус Даву не присоединился к ним. В 16:40 австрийцы атаковали деревню Эсслинг с почти неприступным каменным амбаром (в деревянной двери до сих пор видны отверстия от пуль). Когда бой на этом участке утих, Ланн до 23 часов лично следил за приготовлениями к обороне, устройством амбразур и зубцов на стенах, баррикадированием улиц, осматривал батареи.
На второй день сражения в 3:30 в Асперн ворвались 18-й и 4-й линейные полки Массена при поддержке 26-го полка легкой и 46-го полка линейной пехоты, а также баденских егерей и повели наступление колоннами по двум главным улицам. К 4 часам французы вернули себе большую часть деревни. Церковь осталась в руках австрийцев. Бой продолжался до рассвета, и в 7 часов Массена известил Наполеона, что занял Асперн целиком после того, как деревня четырежды переходила из рук в руки. Увы, к 11 часам австрийцы в очередной раз вернули себе контроль почти над всей деревней. Молодая гвардия ворвалась в Эсслинг как раз вовремя, чтобы удержать хотя бы эту деревню.
Между 6 и 7 часами Наполеон приготовился начать масштабную атаку силами трех дивизий, построенных в плотные колонны. Ланн с дивизией Сент-Илера действовал на правом фланге, Удино – в центре, а на левом фланге – генерал Жан Тарро. Между ними встала легкая кавалерия Антуана де Лассаля и тяжелая кавалерия Нансути. Несмотря на плохую видимость из-за утреннего тумана, многочисленная австрийская артиллерия сильно их потрепала. Случались примеры огромного мужества. Так, 105-й полк Сент-Илера пошел в штыки на полк австрийских кирасир и отбросил его к стоявшим в резерве неприятельским гренадерам. К 9 часам у французов стали иссякать боеприпасы, поскольку фуры не могли преодолеть мост. Атака остановилась после того, как Сент-Илеру, которому был обещан маршальский жезл, ядром оторвало ногу. Он умер через пятнадцать дней от гангрены.
После того как мост снова был разрушен, а Карл собрал в центре позиции огромную батарею (это делало невозможными дальнейшие атаки французов на этом участке), Наполеон задумался о том, как сложно будет осуществить отступление по ненадежным мостам. Он приказал Ланну ослабить наступление. Тот построил батальоны в две линии каре, и войска замечательно дисциплинированно, как на параде, отошли. При этом погибли или получили ранения все члены штаба Удино, он сам был снова ранен. Наполеон отклонил безрассудное предложение генерала Жан-Мари-Пьера Дорсенна (под которым подстрелили не менее трех лошадей) двинуть на неприятельские батареи Старую гвардию.
