Дело якобы обстояло так. Трибуц прилетел в Порт-Артур (ставший нашей военно-морской базой) с инспекцией. Помимо кораблей и береговых частей ему показали и Дом офицеров (бывшее офицерское собрание царского флота). Осматривая библиотеку, Трибуц увидел много ценных дореволюционных книг, которые бережно сохранили японцы. Он распорядился погрузить их в кофры и отправить в свою ленинградскую квартиру. Не успел самолет с пересадками долететь до Ленинграда, о библиофильской слабости адмирала доложили Сталину. Уставший от подобных поступков генералов и маршалов, тот поступил предельно жестко. Трибуца сняли с должности, а книги отправили в библиотеку Военно-морской академии. Карьеру он закончил начальником факультета Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова.
После завершения судебного процесса Кузнецов с 8 марта по 12 июня 1948 года официально находился в распоряжении главнокомандующего ВМС, а фактически находился дома и ждал дальнейшего решения своей судьбы. Он прекрасно понимал показательный характер судебного процесса над ним и его соратниками. В своих воспоминаниях он прямо пишет о том, что это было частью воспитательной работы Сталина с генералитетом. Увы, от осознания этого легче не становилось. По воспоминаниям Кузнецова, в то время он находился в тяжелом психологическом состоянии. И суд чести, и заседание Военной коллегии Верховного Суда не прошли для него бесследно. Особенно угнетала участь осужденных товарищей. Именно тогда у Кузнецова случился первый сердечный приступ.
Спустя три недели Кузнецову сообщили, что он назначен заместителем главнокомандующего войсками Дальнего Востока по морской части вместо снятого с должности Трибуца. Думается, такое назначение стало для Кузнецова большой неожиданностью. Весьма сурово наказав его подчиненных, к самому Кузнецову Сталин неожиданно проявил изрядную снисходительность. Должность подразумевала категорию полного адмирала. По словам Кузнецова, встретивший его случайно в Кремле Молотов туманно намекнул, что ему «придется на некоторое время съездить „туда“». Это значило, что Молотов уже советовался со Сталиным относительно дальнейшей судьбы Кузнецова и знал, что опала не будет долгой.
Между тем Сталин стал понимать, что несколько поторопился с понижением статуса ВМФ. К 1950 году он окончательно пришел к выводу, что следует снова дать военно-морскому флоту самостоятельность, иначе армейцы просто не дадут ему развиваться в полной мере, прибирая в свою пользу единый оборонный бюджет. Кроме того, в связи с началом практической реализации десятилетнего плана военного кораблестроения в конце 40-х годов изменилась и концепция развития Вооруженных сил СССР. Прежде всего это касалось ВМФ, который Сталин снова решил сделать океанским, а следовательно, самостоятельным. Восстановившаяся после войны судостроительная промышленность уже позволяла начать эту работу. В связи с этим была подготовлена новая реформа центральных органов военного управления.
На заседании Высшего военного совета Министерства Вооруженных сил 23 января 1950 года Сталин признал, что допустил ошибку, подчинив ВМФ армии. Согласно дневниковым записям Октябрьского, в то время первого заместителя главнокомандующего ВМС, Сталин заявил, что «ВМС много пострадали от объединения (в Министерство Вооруженных сил СССР. —
В своих воспоминаниях Кузнецов пишет, что, узнав о новом повороте в военно-морской политике Сталина, был весьма удивлен. К этому времени бывший нарком бесповоротно стал сторонником единого органа руководства вооруженными силами — при известной самостоятельности ВМФ. Под «самостоятельностью» Кузнецов подразумевал прежде всего самостоятельную строку государственного бюджета. Поэтому возвращение Сталина к самостоятельному военно-морскому министерству Кузнецов счел шагом назад. Впрочем, в данном случае мнение опального контр-адмирала никого не интересовало.
Согласно указу Президиума Верховного Совета СССР от 15 марта 1950 года Министерство Вооруженных сил СССР переименовывалось в Военное министерство СССР и из него выделялись Военно-морские силы, для управления которыми образовывалось Военно-морское министерство во главе с адмиралом И. С. Юмашев. Новое Военно-морское министерство включало Морской Генеральный штаб, два главных управления (Главное политическое управление и Главное управление ВВС), 29 управлений, 20 отделов, пять служб и комиссий. Сразу же после его создания стало ясно, что руководить им Юмашеву не придется. Флот снова ждали большие перемены.
