Кузнецов поступил на командный — «оперативный факультет», учеба на котором длилась три года. По признанию нашего героя, весь период его пребывания в академии там происходила чехарда: «Вначале пытались перейти к полной программе. Но эта попытка не увенчалась успехом: половина курса была укомплектована товарищами, не имевшими нормального военно-морского образования. Поэтому командованию академии пришлось по некоторым предметам упростить программу, чтобы сделать ее посильной для всех. С первого же семестра те из нас, кто окончил в свое время военно-морское училище, почувствовали, насколько легка для нас эта программа, какие возможности представляются для самостоятельной работы. Использовали мы свободное время каждый по-своему: одни читали военно-морскую литературу, другие углубляли свои знания в той или иной науке. Мы с соседом по столу В. А. Алафузовым решили изучать иностранные языки, чтобы читать в подлинниках труды иностранных теоретиков военно-морского искусства».
Из воспоминаний адмирала Ю. А. Пантелеева, учившегося в Военно-морской академии практически одновременно с Н. Г. Кузнецовым:
«Рабочий день начинался в 8.45 утра, а кончался в 15.45, и мы расходились по домам, взяв необходимые учебники, благо большинство из них не были секретными. Словом, заниматься разрешалось где угодно, не исключая, конечно, и кабинетов академии… Все преподаватели излагали свой предмет блестяще. Я не могу вспомнить ни одного случая, чтобы преподаватель с кафедры монотонно читал по написанному. Мы и представить не могли себе такое… Бывало у нас другое: когда, например, В. А. Белли, читавший оперативное искусство, заканчивал свою последнюю фразу, в аудитории раздавались восторженные аплодисменты, настолько речь В. А. Белли была глубокой, яркой и красочной. Общую тактику читал С. П. Ставицкий. Я не встречал в жизни человека, более собранного и более экономного в изложении своих мыслей. Из напечатанной лекции С. П. Ставицкого нельзя было вычеркнуть ни одного слова или предлога, как нельзя вычеркнуть ни одной цифры из таблицы умножения. Шутки ради, мы пробовали это сделать. Ничего не выходило, сразу искажался смысл. Таким С. П. Ставицкий был и в жизни человеком дела. Болтать попусту не любил и не умел.
<..>
Нельзя забыть А. И. Вознесенского — впоследствии крупного политического деятеля нашего государства. У нас он преподавал политэкономию. Но как преподавал! Его четкие формулировки, логически краткие, порой резкие, но всегда убедительные обобщения до сих пор у меня в памяти. Оценки он нам ставил скупые, но справедливые, и, признаться, мы Вознесенского побаивались: в два счета можно было заработать двойку, а после двух-трех неудовлетворительных оценок слушателю грозило безрадостное возвращение на флот»[7].
Следует отметить, что Кузнецов попал в Военно-морскую академию в самый разгар затянувшейся дискуссии о перспективах развития советских ВМС. Обсуждался важнейший, принципиальный вопрос: какой именно флот нужен СССР? Какой должна быть стратегия действий ВМС, какие корабли строить под нее? Очень скоро определились две принципиально различные точки зрения на пути развития советского флота.