Из воспоминаний порученца наркома капитана 1-го ранга Е. А. Чернощека:
«В декабре 1941 года ко мне зашли батальонный комиссар и два матроса. Это оказалась депутация от одной из бригад морской пехоты, оборонявших Москву. Они от имени бойцов бригады привезли Николаю Герасимовичу подарок — новенький немецкий автомат с выгравированной на нем соответствующей надписью. Батальонный комиссар доложил, что матросы и офицеры бригады послали их, чтобы вручить народному комиссару подарок. „Но, знаете ли, нам как-то страшно“. — „Чего страшно?“ — спросил я. „Да мы еще ни разу не видели его живого, а знакомы с ними только по фотографиям“. — „Нет, не бойтесь, народный комиссар очень добрый человек, он будет вам рад“. Я доложил Николаю Герасимовичу. Он сказал присутствовавшим у него посетителям: „Товарищи, на минутку прервем доклады, прибыли делегаты с фронта, надо их принять“. Делегаты, крайне смущенные, зашли в кабинет. Все встали. Николай Герасимович вышел из-за стола и подошел к делегации. Он очень тепло приветствовал их, принял подарок и расспросил о боевых делах бригады. Затем он так же тепло с ними простился, передал бойцам и офицерам благодарность за подарок, привет и добрые пожелания, затем дал мне указание покормить их как можно лучше. Делегация ушла, растроганная приемом»[38].
Разумеется, первые недели войны внимание Кузнецова было приковано главным образом к балтийскому побережью. В конце июня его приказом была сформирована Ладожская военная флотилия. Впоследствии она оказала огромную помощь в снабжении осажденного Ленинграда.
Тогда же Кузнецов направил адмирала Исакова в Ленинград для координации взаимодействия с армией. Однако сдерживать стремительное продвижение немцев не удавалось, и 3 июля связь между оставшимися в тылу противника базами Балтийского флота и Северо-Западным фронтом нарушилась. Кузнецов распорядился выставлять на основных дорогах заслоны морской пехоты, активно использовать авиацию флота для разведки. Одновременно были отправлены директивы относительно обороны полуострова Ханко, островов Эзель, Даго и района Таллина, а также отвода на восток и эвакуации имущества и гражданских судов.
Для эффективного использования сил и средств Балтийского флота в защите Ленинграда 5 июля Кузнецов распорядился создать командование морской обороной Ленинграда и Озерного района. Тогда же в районе Невской Дубровки по его распоряжению была своевременно создана мощная Невская артиллерийская позиция Северного берега. Создание Невского укрепленного района из сил армии и флота впоследствии сыграло огромную роль в обороне города.
В течение июля директивами наркома ВМФ были созданы Ильменская и Чудская военные флотилии, а 7 августа и Онежская военная флотилия. Их корабельный состав пополнялся вооруженными гражданскими судами. Флотилии оказали огромную помощь нашим войскам в обороне.
Для решения задачи постановки минных заграждений на входе в Финский залив было создано новое подразделение — Минная оборона Балтийского моря. Всего кораблями флота за первые месяцы войны было выставлено 5657 контактных мин и 1480 минных защитников, в значительной мере стеснивших деятельность ВМС Германии в восточной части Балтийского моря.
По мере наступления немецких войск в Прибалтике перед командованием Балтийского флота и Наркоматом обороны встал вопрос о переносе главной базы из Таллина в Кронштадт.