Что касается Балтийского флота, то теперь его главной задачей стала помощь осажденному Ленинграду. Помимо поддержки огнем корабельной артиллерии и береговых батарей, флот постоянно формировал подразделения морской пехоты, отправляя их в распоряжение командования фронтом. В интересах обороны использовались запасы флота, в том числе и продовольственные.
С 12 сентября начала действовать Дорога жизни по Ладожскому озеру, снабжавшая осажденный Ленинград. Нарком ВМФ и Военный совет Ленинградского фронта поставили перед Ладожской флотилией задачу обеспечить перевозки через озеро.
На северном фланге советско-германского фронта в июле 1941 года завязались тяжелые бои на рубеже реки Западная Лица, при этом Северный флот высадил три десанта в Мотовском заливе. В результате боевых действий с участием морской пехоты наступление на Мурманск было отбито и на фронте установилось относительное равновесие. Несмотря на то что Мурманский порт подвергался частым бомбардировкам, он продолжал работу, что в будущем обеспечило возможность принимать полярные конвои с военной техникой и вооружением. Вопрос был принципиально решен в августе 1941 года в результате прямых переговоров между премьер-министром Англии У. Черчиллем и И. В. Сталиным.
Теперь наркому морского флота С. С. Дукельскому надо было подготовить Мурманск и Архангельск к приему конвоев и их быстрой разгрузке, а Кузнецову следовало силами Северного флота организовать их прикрытие в зоне своей ответственности. Учитывая крайне малочисленный корабельный состав Северного флота, сделать это было крайне непросто.
Первый конвой «Дервиш» вышел 21 августа 1941 года из Исландии и прибыл в Архангельск через десять дней без потерь. Конвой был относительно небольшим и состоял из шести торговых судов.
В отличие от Балтийского и Черноморского, Северный флот в течение всей войны был подчинён непосредственно наркому ВМФ. Объяснялось это тем, что основная его задача — обеспечение безопасности проводки конвоев — была чисто морской.
Кроме того, надо было прикрыть от возможного проникновения немецких надводных рейдеров и подводных лодок Арктику. В этих целях Кузнецов создал на базе Беломорской военно-морской базы новое объединение — Беломорскую военную флотилию. В зону ее ответственности вошли Белое и Карское моря. Директива была подписана наркомом 2 августа.
А 17 октября из куйбышевской командировки его срочно вызвал Сталин, чтобы немедленно отправить на Северный флот. Сталин не был уверен, все ли подготовлено на Севере для встречи конвоев союзников.
Согласно договоренности между Москвой и Лондоном, основная ответственность за проведение конвойных операций на Севере лежала на британском Адмиралтействе. Оно занималось формированием конвоев и прокладкой маршрута. Корабли англичан должны были охранять транспортные суда на всём протяжении более чем 2000-мильного маршрута из Англии и Исландии до Мурманска и Архангельска. При достижении 20° восточной долготы (остров Медвежий) в дело вступал Северный флот, обеспечивая встречу конвоя, усиливая корабельный эскорт, а также осуществляя прикрытие судов конвоя с воздуха. При этом зона ответственности Северного флота приходилась на наиболее приближенный к побережью Норвегии и немецким аэродромам, а потому и самый опасный участок.
Прибыв в Полярный, Кузнецов вместе с командующим Северным флотом А. Г. Головко и его штабом разработал схему оперативного прикрытия полярных конвоев.
Непосредственное прикрытие полярного конвоя в радиусе 200 морских миль (370 км) от Мурманска должно было осуществляться тяжёлыми истребителями Пе-3, а в радиусе 100 миль (185 км) — одномоторными истребителями Северного флота. На аэродромах при приближении конвоев в полной боевой готовности должны были находиться бомбардировщики и торпедоносцы, готовые атаковать корабли противника в случае их появления в море. Одновременно два наших эсминца в составе океанского эскорта должны были встречать конвой у острова Медвежий. Ещё один эсминец находился в боевой готовности № 2 в Полярном, с задачей поддержки эскорта. Для оказания возможной помощи приводился в боеготовность буксир на выходе из Кольского залива, в районе острова Кильдин. Одновременно проводилось обязательное усиленное траление фарватеров на подходе к заливу и в самом заливе. Помимо этого, усиливалась противовоздушная оборона Мурманска, Ваенги, Полярного и Архангельска, приводились в боеготовность батареи береговой обороны. Северный флот обеспечивал не только прибытие конвоев в советские базы, но и их выход в обратном направлении. Это включало практически тот же комплекс мер.
