Советский оборонительный рубеж Пярну — Тарту — Чудское озеро немецкие войска группы армий «Север» прорвали 22 июля 1941 года. 5 августа они вышли на дальние подступы к Таллину, а 7 августа — к побережью Финского залива в районе Кунда, фактически взяв Таллин в кольцо.
Кузнецов в своих воспоминаниях сообщает, что до середины августа он с командующим Балтийский флотом Трибуцом и Главкоматом Северо-Западного направления считали такую передислокацию нецелесообразной и перед Сталиным этого вопроса не поднимали. Вопрос эвакуации главных сил Балтийского флота из Таллина в Ставке специально не обсуждался. Однако, докладывая в середине июля обстановку в районе Таллина, Кузнецов сообщил о предложении Военного совета флота перенести флагманский командный пункт флота (ФКП) в Лужскую губу и о решении главнокомандования Северо-Западного направления оставить сам Военный совет в Таллине.
Как свидетельствует Кузнецов, Сталин ему ответил: «Таллин нужно оборонять всеми силами». В данном случае автор несколько лукавит. Вряд ли Сталин настаивал на том, чтобы держать там огромную массу совершенно ненужных для обороны города кораблей и судов. Сам же нарком прямого вопроса о выводе главных сил флота из Таллина почему-то не поставил. А ведь перенесение ФКП флота и перевод в Кронштадт нескольких десятков кораблей — это не одно и то же.
Решение об эвакуации флота и гарнизона Таллина было принято лишь тогда, когда были исчерпаны все возможности его обороны. Все это время корабли Балтийского флота стояли на внешнем рейде Таллина, подвергаясь ежедневным атакам авиации противника. При этом Кузнецов в данную ситуацию до последнего момента не вмешивался. Решение о выводе флота из Таллина было принято в общем-то случайно. Во время очередного доклада об обстановке на Северо-Западном направлении Сталин поинтересовался у начальника Генерального штаба маршала Б. М. Шапошникова положением дел на Балтийском флоте. Тот сообщил, что главные силы флота все еще сосредоточены в окруженном Таллине. Для Сталина это стало неприятной новостью. Известна его недоуменная фраза: «А что, разве корабли еще в Таллине?»
Из этого следует, что ни Кузнецов, ни Ворошилов как главком Северо-Западного направления о ситуации с Балтийским флотом Сталина не информировали. Только после вмешательства Верховного последовал приказ немедленно отправить флот в Кронштадт. Военно-административная машина завертелась. Но время было упущено. Как вспоминал позднее адмирал Трибуц, после беседы Шапошникова со Сталиным «на подготовку к прорыву у нас были всего одни сутки». Значит, решение на эвакуацию запоздало по меньшей мере на неделю.
Военный совет флота 25 августа доложил главкому Северо-Западного направления и наркому ВМФ, что приказание об обороне выполняется, все способные дерутся, все оружие брошено на боевые участки, с кораблей сняты все люди, без которых можно обойтись, но под давлением превосходящих сил противника кольцо вокруг Таллина сжимается.
На следующий день уже Кузнецов запросил у Сталина официального разрешение на срочную эвакуацию Главной базы Балтийского флота из Таллина. Формально делать он это права не имел, так как Балтийский флот к этому времени был переведен в оперативное подчинение командованию Северо-Западного фронта. Но армейцы с решением медлили, а ждать больше было уже нельзя. После вмешательства Кузнецова Ставка эвакуацию защитников Таллина и прорыв Балтийского флота в Кронштадт разрешила.
Корабли флота и многочисленные транспорты с загруженным на них 10-м стрелковым корпусом и гражданским населением сосредоточились у островов Найссар и Аэгна 28 августа. Отсюда и начался трагический Таллинский прорыв. Всего за двое суток на минах и от ударов авиации противника было потеряно 19 боевых кораблей и более 50 транспортов и вспомогательных судов. Кузнецов доложил Сталину, что из 20 тысяч эвакуированных было доставлено 12 225 человек (то есть погибли 7775 человек), адмирал Трибуц впоследствии утверждал, что погибло не более 5 тысяч человек. Согласно же наиболее авторитетному исследованию контр-адмирала Р. А. Зубкова, число погибших в ходе Таллинского прорыва составило более 15 тысяч человек.
Кузнецов так описывал разговор со Сталиным, состоявшийся в сентябре 1941 года. Сталин спросил:
— Во время перехода из Таллина мы потеряли шестьдесят кораблей и судов?
— Пятьдесят девять из ста девяноста семи! — уточнил Кузнецов.
На что Сталин ответил:
— Очень большие потери.
— Товарищ Сталин, в создавшейся ситуации флот понес тяжелые потери, но они могли быть гораздо большими. Немцы наверняка рассчитывали потопить весь флот, — начал докладывать Кузнецов. — Тотчас после выхода эскадры из Таллина они подвергли ее ожесточенной бомбардировке. Торпедные катера и самолеты противника вели непрерывные атаки. Необходимого воздушного прикрытия получить не удалось…
После этого нарком начал в деталях рассказывать о трагических обстоятельствах перехода.
Сталин некоторое время слушал молча, потом спросил с упреком:
— Зачем вы мне все это говорите, товарищ Кузнецов?
На это Кузнецов ответил:
