Что касается учреждений Наркомата ВМФ и Главного Морского штаба ВМФ, то, согласно разнарядке Генерального штаба, их надлежало эвакуировать в Куйбышев (ныне г. Самара) и Ульяновск. Для этого под Наркомат ВМФ в Куйбышеве было выделено левое крыло городского Дворца культуры, а под жилье сотрудников наркомата — общежитие местного аэроклуба. При этом левое крыло Дворца культуры предстояло еще дооборудовать под наркомат и Главный Морской штаб, прежде всего обеспечить их оперативной связью. Высший командный состав с семьями надлежало разместить на пассажирском пароходе «Спартак», а центральный узел связи ВМФ — на пароходе «Исеть». Для организации работы в новых условиях и установления связи с флотами Кузнецов отправил контр-адмирала В. А. Алафузова. Кузнецов сам вылетел в Куйбышев 16 октября, чтобы руководить размещением Главного Морского штаба, оборудованием командного пункта наркомата и установлением связи с флотами. Для решения этих вопросов встречался в Куйбышеве с Н. А. Вознесенским и генералом М. З. Захаровым. Пробыв в Куйбышеве неделю, Кузнецов вернулся в Москву.
Без внимания наркома не остались и тыловые флотские объединения. Так, уже 12 июля Кузнецов приказал командующему Тихоокеанским флотом поставить оборонительные минные заграждения для прикрытия Владивостока, Владимиро-Ольгинской военно-морской базы, Советской Гавани и Петропавловска-Камчатского. 22 июля он обратился с письмом к начальнику Генштаба с предложением ряда мер по организации защиты перевозки нефти по Каспийскому морю и Волге, усилению противовоздушной обороны этого района и увеличению количества плавучих батарей в северной части Каспия. В октябре приказом наркома ВМФ была сформирована Волжская военная флотилия.
В Государственном архиве Российской Федерации автор обнаружил любопытный документ — записку Кузнецова на имя Сталина от 15 сентября 1941 года. Нарком обращает внимание, что Архангельский порт, в отличие от Мурманского, замерзает и предстоящей зимой главная нагрузка по приему союзнических грузов ляжет на Мурманск. В связи с этим он пишет: «Полагаю необходимым Генеральному штабу Красной Армии разработать мероприятия по созданию надежной обороны Мурманска и Мурманско-Обозерской железной дороги с суши и с воздуха»[42]. Данный вопрос не входил в компетенцию наркома ВМФ, однако к его соображениям Сталин отнесся с должным вниманием, и необходимые меры были приняты.
Новая расстановка в ходе Второй мировой войны обозначилась после 7 декабря 1941 года. Внезапной комбинированной атакой воздушных и подводных сил японский флот атаковал главную базу американского Тихоокеанского флота в Перл-Харборе. Потери американцев составили 8 линкоров и более двух тысяч моряков. США вступили во Вторую мировую войну. Узнав об этой атаке, Сталин затребовал от Кузнецова все возможные разведывательные документы и сразу же приказал самым тщательным образом проверить боеготовность Тихоокеанского флота. Отныне на него, несмотря на удаленность от театра боевых действий, стали обращать куда больше внимания. Практика внезапных нападений японского флота, как это было в 1904 году в Порт-Артуре и в 1941 году в Перл-Харборе, не оставляла сомнений, что если Япония решится вступить в войну с СССР, то непременно нанесет удары по Владивостоку и Петропавловску-на-Камчатке. Юмашеву предписали быть в постоянной готовности к отражению нападения.
Закончился 1941 год, полный поражений, трагедий и разочарований. Что принесет наступающий 1942 год, не знал еще никто, в том числе и нарком ВМФ.
Деятельность наркома ВМФ в годы войны имела свои особенности. Они заключались в том, что он ставил задачи флотам, руководствуясь сложившейся обстановкой на огромном сухопутном фронте. Подчиняя действия флота интересам армии, нарком и его аппарат определяли задачи исходя из конкретной оперативно-стратегической обстановки.
В течение всего 1942 года нарком ВМФ постоянно занимался формированием морских стрелковых бригад, создаваемых для оказания помощи армейским соединениям. К концу года на различных фронтах войны сражались 21 бригада морской пехоты, свыше 30 морских стрелковых бригад, а также несколько десятков отдельных полков и батальонов морской пехоты. Это было серьезным подспорьем для армии.
Начатая в конце 1941 года на Керченском полуострове крупная десантная операция советских войск развивалась успешно. В начале 1942 года силами Закавказского фронта, Черноморского флота и Азовской флотилии была освобождена от немецко-румынских войск территория Керченского полуострова, где были сосредоточены три общевойсковые армии и создан новый Крымский фронт. Его целью являлась деблокада осаждённого Севастополя, разгром немецкой 11-й армии и полное освобождение Крыма. Однако все попытки в феврале — апреле 1942 года вырваться на просторы Крыма результатов не достигли. После незначительного продвижения Крымский фронт вынужден был перейти к обороне.
