На Нейрата заявления Гитлера произвели ошеломляющее впечатление – после этого он перенес несколько сердечных приступов. Уже через четыре дня – 9 ноября – Нейрат встретился с фон Фричем и начальником Генштаба сухопутных войск Людвигом Беком. Они хотели обсудить, что предпринять, чтобы «заставить Гитлера отказаться от своих идей». Конечно, Нейрат даже не рассматривал (как, например, Бек) варианта насильственного устранения Гитлера. Он считал, что надо объяснить фюреру катастрофические последствия подобной политики и убедить его отказаться от своих планов. Но Гитлер отказался даже принять Нейрата для беседы и отправил его на длительный отдых в горную резиденцию Берхтесгаден – фактически барон уже не был министром иностранных дел. 4 февраля 1938 года он был официально заменен на посту руководителя Внешнеполитического ведомства Иоахимом фон Риббентропом и назначен имперским министром без портфеля и председателем специально созданного «под него» Тайного совета министров (оба эти поста он занимал, кстати, до самого краха Третьего рейха). Было объявлено, что этот совет станет сверхкабинетом и высшим органом по руководству внешней политикой. На самом же деле Тайный совет так и не был создан, а был лишь мерой по успокоению западной дипломатии, которая не должна была воспринять удаление Нейрата как свидетельство изменения продуманной внешней политики Германии на более агрессивную.
Вскоре Гитлер еще раз сыграл на международной репутации Нейрата – он пользовался ею как важным фактором политики. Чтобы показать державам, что Германия будет придерживаться в бывшей Чехословакии умеренной политики, он 18 марта 1939 года назначил барона фон Нейрата имперским протектором Богемии и Моравии. Фактически этим назначением Гитлер как бы давал понять Великобритании и Франции, что лишение Чехии независимости (с согласия, пусть формального и вынужденного, чешского руководства) и установление режима протектората не является нарушением Мюнхенского соглашения 1938 года, а сам по себе факт наличия во главе протектората дипломата старой школы – гарантия, что все будет «в рамках приличий». (Великобритания и Франция, кстати, Гитлеру не поверили, а кандидатура Нейрата их ни в чем не убедила.)
Нейрат был наделен неограниченными полномочиями в законодательной и судебной областях, при этом ни одно из решений национального правительства не было действительно без его утверждения. В то же время Нейрат оказывал мало влияния на дела протектората, так как руководство карательной политикой было сосредоточено в руках фактически неподконтрольного ему статс-секретаря Карла Германа Франка, одновременно являвшегося высшим руководителем СС и полиции в протекторате. Тем не менее Нейрат, хотя и не вмешивался в дела СС, но выступал против крайних мер – при нем довольно широкими правами обладали местные чешские органы самоуправления, а в правительстве протектората успешно работали такие политики, как генерал Алоиз Элиаш, поддерживавший связи с эмигрантским правительством и позже казненный СС.
При всем этом по своему положению неограниченного протектора Нейрат несет полную ответственность за все, что происходило в протекторате под его началом, и какие-либо отговорки и попытки переложить ответственность на других тщетны и бесперспективны. Гитлер никогда не считал Нейрата жестким администратором, и его политика в протекторате его не устраивала и 27 сентября 1941 года он назначил его постоянным заместителем обергруппенфюрера СС Рейнгарда Гейдриха, а Нейрата отправил в бессрочный отпуск. К своим обязанностям оставшийся не у дел протектор уже никогда не вернулся, а 25 августа 1943 года на посту имперского протектора его уже официально заменил будущий его коллега по Нюрнбергу Вильгельм Фрик. Незадолго до этого – 21 июня 1943 года – Нейрата произвели в обергруппенфюреры СС, что, впрочем, ничего не значило. К своему 70-летию в 1943 году барон получил от правительства дотацию в размере 250 тысяч рейхсмарок. В мае 1944 года Нейрат встречался с руководителями антигитлеровского заговора Карлом Гёрделером и Карлом Штрёлином, но к заговору против Гитлера в полном смысле этого слова не примкнул и никаким преследованиям со стороны гестапо не подвергался.
6 мая 1945 года барон Константин фон Нейрат был захвачен французскими войсками.
На скамье подсудимых оказался и один из рейхсканцлеров Германии, как бы пришедший из другой эпохи – Франца фон Папена крайне сложно назвать «столпом нацистского режима». Свою роль здесь сыграл тот факт, что в первые месяцы правления Гитлера Папен был его заместителем – вице-канцлером.
