Отлет в Великобританию 10 мая 1941 года его шефа Рудольфа Гесса вознес Бормана на самую вершину власти, хотя к этому времени он уже смог стать абсолютно необходимым для Гитлера человеком. Через два дня он возглавил Партийную канцелярию, созданную из Штаба заместителя фюрера, а еще через день стал секретарем фюрера (это звание ранее носил Гесс). 29 мая 1941 года Борман унаследовал еще одну должность Гесса – имперского министра без портфеля и члена Совета обороны рейха. Декрет от 24 января 1942 года констатировал, какой власти в Третьем рейхе достиг Борман – с этого момента он должен был принимать участие в подготовке, принятии и обнародовании всех имперских законов и уставов, а кроме того, еще и утверждать все законы имперских провинций и декреты имперских наместников. 12 апреля 1942 года особым приказом Гитлера Борман был назначен «личным секретарем фюрера». Свои обязанности сам Борман формулировал так: «1) Устройство личных дел фюрера. 2) Участие во всех переговорах фюрера. 3) Доклады о текущих событиях фюреру. 4) Передача решений и мнений фюрера имперским министрам. 5) Улаживание споров и определение компетенции тех или иных министерств и ведомств. 6) Переустройство города Линца. 7) Наблюдение за резиденциями Гитлера. 8) Руководство группой стенографистов при обсуждении военного положения».
Фактически с середины войны именно он, а не официальный преемник фюрера Герман Геринг, был «вторым человеком в рейхе», «наци № 2». Не было ни одного преступления, совершенного режимом, к которому бы Борман не имел отношение. Было на его счету и распоряжение 27 января 1943 года о «применении оружия и телесных наказаний» к советским военнопленным, а, например, 30 мая 1944 года он запретил мешать населению без суда расправляться со сбитыми летчиками союзников. Борман делал все возможное, и ему это удавалось, чтобы не допустить усиления каких-либо других органов власти или личностей, что поставило бы под сомнение власть партийного аппарата и его личную власть. Ему удалось поставить под свой контроль растущую роль СС, он «зарубил» в феврале 1943 года план Альберта Шпеера об усилении роли Имперского совета министров, во многом именно благодаря Борману потерял свое влияние Геринг. В 1944 году Борман фактически монополизировал все внешние сношения Гитлера – только через него поступали доклады, информация, проекты, а после фактического устранения начальника Имперской канцелярии Ганса Генриха Ламмерса он стал главным приближенным Гитлера. Фактически с этого момента ни одно решение не принималось фюрером без предварительной консультации с Борманом. Используя свое положение, он добился резкого падения авторитета у Гитлера Геринга, Гиммлера, Геббельса и других высших руководителей рейха. 29 февраля 1944 года он составил записку «Укрепление германского народа в будущем», направленную на детальную регламентацию усиления деторождения в Германии, – он вообще, как выяснилось позже, думал о введении в Германии многоженства, чтобы восполнить потери немецких мужчин на фронте. Что интересно, супруга Герта полностью его в этом начинании поддерживала и даже составила проект правил для семей многоженцев, где была бы «любимая жена» (домина), а остальные должны были ей подчиняться.
10 августа 1944 года предусмотрительный Борман собрал в Страсбурге представителей крупной германской промышленности, обсудив с ними возможности и методы вывоза за границу капиталов НСДАП и частных фирм, с тем, чтобы сохранить средства для возрождения нацистского движения в будущем.
С конце апреля 1945 года и до последних дней рейха Борман постоянно находился с Гитлером в Берлине, у него одного из немногих руководителей была собственная комната в бункере фюрера (в апреле в бункер переехал также Геббельс), а рабочие и личные комнаты – в бункере Имперской канцелярии. В своем личном завещании Гитлер назначил Бормана своим душеприказчиком, которому «дается полное право принимать все решения». В политическом завещании Гитлер привел список нового правительства Германии, в котором Борман был назван имперским министром по делам партии – фактически руководителем НСДАП. Оба эти составленные 29 апреля завещания Борман скрепил своей подписью в качестве свидетеля. Хотя в этот момент власть Гитлера ограничивалась Имперской канцелярией, Борман на какой-то момент стал самым могущественным человеком в Третьем рейхе.
