С той поры болезнь короля усилилась. Воевать с Россией поляки уже не могли. Король Стефан терял последние силы. Паны вновь увлеклись политикой и разделились на две враждебные партии - Замойского и Зборовского. После смерти Батория (1586 г.) наступило новое «бескоролевье». Из всех, кого прочили на престол, Ягеллоном по матери являлся лишь Сигизмунд, королевич шведский. За его избрание стояла партия канцлера Яна Замойского. Сторонники Зборовских хлопотали за эрцгерцога Максимилиана (брата германского императора Рудольфа). Но была ещё третья, литовская партия. Она выставляла своим кандидатом Русского Царя Феодора Иоанновича. С давних пор между Русью и Речью Посполитой существовал договор о возможности (в отсутствие наследников) избирать королём Польши Русского Царя и, наоборот, возводить Ягеллонов (то есть Гедеминовичей) на престол Московский, чем и пытались потом воспользоваться поляки в период нашего «смутного времени». Тогда же, в 1586 г., Сигизмунда III ещё не избрали. На левом берегу Вислы, близ Варшавы (новой польской столицы), стояла армия его сторонников во главе с канцлером Замойским против армии пана Зборовского, а на правом берегу отдельным станом расположилась литовская рать, готовая защитить интересы Феодора Иоанновича.
Избрание Сигизмунда для России было крайне нежелательным, ибо оно могло объединить Польшу со Швецией и нарушить зыбкое равновесие в Прибалтике, где ещё оставались русские войска. Послы Московские на переговорах обещали панам, в случае избрания королём Феодора, полную свободу самоуправления Польши и Литвы, а кроме того, уплату всех долгов, наделанных Баторием. Поначалу переговоры шли успешно. Русское посольство было встречено очень радушно, мелкая шляхта (особенно литовско-украинская) всецело всецело поддерживала кандидатуру Феодора Иоанновича. Но бояре Московские не учли психологии панов. Те ждали взяток. Хватило бы, как выяснилось потом, двухсот тысяч рублей. А так, не дождавшись мзды, вельможи польские поставили условие, чтобы, во-первых, избранный государь короновался в главном костёле Кракова, во-вторых, чтобы именовался он прежде всего королём Польши, затем великим князем Литовским, и только потом уже Царём Московским, и непременно чтобы перешёл в латинскую веру. На такое, разумеется, Феодор не согласился.
Переговоры окончились безрезультатно. Впрочем, войска Замойского справились с армией Зборовского, и на престоле польском воссел шведский принц Сигизмунд - король Сигизмунд III. Сбылись худшие опасения московитян, хотя в итоге всё обошлось. Первое время Ян Замойский торжествовал и уже готовил поход на Москву, однако очень скоро выяснилось, что Сигизмунд III не отличался умом, а его волей завладели иезуиты. Уязвленный бестолковостью короля и влиянием на него лукавых братьев ордена, канцлер удалился от двора. Москва же, пользуясь безучастностью поляков, по окончании перемирия (1589 г.) объявила войну Швеции. В результате шестилетних боевых действий в лето 1595-е со шведами был заключён «вечный мир», по которому Россия возвратила себе Ивангород, Ям и Копорье, а в придачу к ним получила карельские земли на севере вплоть до города Колы. И в том же 1589 году в Москве совершилось великое событие. Кафедра всея Руси стала патриаршей.
В лето 1586-е в Российскую столицу за милостыней приезжал патриарх Антиохийский Иоаким. Встретив его ласково и щедро одарив, Царь Феодор Иоаннович высказал пожелание учредить в Москве патриархию, более приличествующую Великой Державе, нежели митрополия. Тем паче, что из всех стран, где Церкви возглавлялись патриархами (Константинопольским, Иерусалимским, Александрийским и Антиохийским), лишь Россия была свободна от власти
Не видеть этого могущества, богатств, великодушия Православного народа, благолепия сотен церквей по одной Москве патриарх Иоаким, конечно, не мог. Выражая благодарность за обильные дары, он обещал Царю и правителю Государства, Борису Годунову, передать их пожелание Восточным патриархам. И в первую очередь, «патриарху Вселенскому» Иеремии II, положение которого в Константинополе к тому времени сделалось особенно тяжёлым.
Иеремия был усердным строителем и благоукрасителем патриархии, собирателем её казны. Но турецкий султан Амурат, привыкший беззастенчиво грабить Православных, в ту пору превзошёл себя. Он изгнал патриарха из всех принадлежавших ему монастырей и из кафедрального храма Примакаристы-Всеблаженной. «Иеремия, - пишет А.В.Карташев, - встал перед героической задачей: вновь купить и обстроить разорённое седалище патриархии. Он эту задачу выполнил и заслуженно прославлен греками». Но это стоило патриарху трудных поездок, «унизительных» прошений милостыни у своих православных собратьев-славян. И вопреки «греческому патриотизму», он был вынужден учредить патриархию в Москве.
