Прибывшие через четыре дня члены комиссии навряд ли толком знали царевича в лицо. Если прежде и видели его младенцем, то теперь, во гробе, в полутёмной церкви, на пятый день после смерти они могли ошибиться вполне, и особенно, если не стремились к установлению истины. Был ли действительно там Димитрий или другой невинный отрок, они, скорее всего, не выясняли. Главной задачей комиссии было отвести подозрения в убийстве от Бориса Годунова. При этом Шуйский, ходивший на грани опалы, мог повернуть куда угодно. Если он, допустим, заподозрил Нагих в возможной подмене царевича, то вполне мог умышленно не заметить того. Спустя 14 лет он на Красной площади уверял народ, что знал о подмене и спасении Димитрия от рук убийц, когда Москва встречала так называемого «Самозванца». Правда, потом Шуйский же и отрёкся от своих слов. Но первую ложь он принёс в пользу версии «самозаклания» отрока, будто бы страдавшего падучей болезнью. Лупп Клешнин, неофициальный глава комиссии, вёл себя тоже очень странно. Увидев тело царевича во гробе, он ужаснулся, затрепетал и велел немедленно хоронить его. Что пережил сей доверенный Годунова, сказать трудно. Только скоро Клешнин постригся и дни свои окончил в монастыре.
Слухи ходили о том, что Нагие сами подменили Димитрия, и, возможно, даже ещё в младенчестве, а затем спровоцировали избиение Битяговских - неизвестно, убивавших отрока или нет. Современник событий, француз Жак Маржерет, например, писал:«Как считают, мать и некоторые вельможи, явно предвидя цель, к которой стремился сказанный Борис, и зная об опасности, которой младенец [Димитрий] мого подвергнуться... изыскали средство подменить его и поставить другого на его место». Одним словом, загадка «убийства», «самоубийства» или «подмены» в Угличе до сих пор остаётся неразгаданной, так же как и загадка «Самозванца», о котором речь впереди. «Великая темнота» хранит свои тайны.
Шуйский с Клешниным и члены комиссии доложили Царю Феодору Иоанновичу свою версию случившегося. Борис остался «вне подозрений». Чувствительный Государь едва не умер от скорби по погибшему сводному брату. Царица Ирина едва не ушла в монастырь. Но потом супруги утешились. Нагие же в Угличе поносили Годунова как убийцу. Требовались срочные меры, и «царский шурин» их предпринял.
По результатам следствия патриарх Иов объявил мнение Собора:
«Нагих, - пишет А.Д.Нечволодов, - привезли в Москву и крепко пытали; у пытки был сам Годунов... Но, по свидетельству летописцев, Нагие и на пытке говорили, что царевич убит. Их разослали в заточение по дальним городам. Царица же Мария была пострижена [с именем Марфы] в Выксинской пустыни, за Белозером. С угличанами поступили также с беспощадной строгостью: до 200 человек было наказано смертью или отрезанием языка; многих посадили в темницы; большинство же было сослано в Сибирь, для заселения города Пелыма. Самый колокол, звонивший в набат, был отправлен в Тобольск... После этой расправы город Углич... совершенно запустел и с той поры уже не поднимался».
Иоанн Грозный казнил своих врагов, злоумышленников; но чтобы так - опустошать целые города, дабы избавиться от свидетелей... Не будем забывать, что Иоанн был законный Царь, самодержец. Он не заискивал перед народом. Ибо Помазанник лишь Богу даёт отчёт. Но он любил свой народ, и народ любил Грозного Государя. Годунов же, снедаемый властолюбием, шагал к престолу по ступеням преступлений. Страх, подозрительность, суеверие были его спутниками.
Через шесть лет после убийства в Угличе Борис приблизился к заветной цели. В конце 1597 года занемог Царь Феодор Иоаннович, и 7 января 1598-го скончался. «Я вполне убеждён в том, - писал тогда голландец Масса, - что Борис ускорил его смерть, при содействии и по просьбе своей жены [Марии Григорьевны Годуновой, бывшей Скуратовой], желавшей скорее сделаться царицей».
О том, как после кончины Царя Феодора Борис захватил престол, мы рассказывать не станем. Об этих неправдах у большинства историков говорится подробно. Скажем лишь, что обладая реальной силой, Годунов разыграл впечатляющий спектакль, будто принял на себя бремя власти «по настоянию народа» и по решению Земского Собора, на который не был допущен никто из его противников. Царица Ирина ушла в монастырь, а тех бояр, что пытались препятствовать воцарению Бориса, ожидали расправы и ссылки.
