Удивительная работоспособность, человеческая мудрость, дружелюбное отношение Ивана Ивановича к своим сотрудникам, способность увлекать их на выполнение поставленных перед резидентурой задач снискали ему авторитет, уважение и любовь работавших с ним разведчиков. В коллективах резидентур, которыми он руководил, всегда царила обстановка сплоченности и взаимовыручки. Одна мысль о необходимости докладывать Ивану Ивановичу о полученных результатах выполнения его задания заставляла сотрудников работать лучше. Если же дело было сделано спустя рукава, то Иван Иванович строил разговор с провинившимся таким образом, чтобы последнему было до боли стыдно за это.
В августе 1943 года И.И. Агаянцу было поручено принять участие в организации представительства СССР при Французском комитете национального освобождения (ОКНО). Выполняя эту миссию, он провел в Алжире несколько встреч с генералом де Голлем и его ближайшими помощниками. С де Голлем Иван Иванович был знаком еще по Тегерану и сумел наладить с ним хорошие отношения. Все это помогло советской разведке получить необходимую информацию о положении в ОКНО, а также о происках в Алжире англо-американских спецслужб, негативно настроенных в отношении де Голля.
И.И. Агаянц регулярно выезжал из Ирана то в Алжир, то в Египет, то в Ирак и другие страны региона для проведения оперативных мероприятий против фашистской Германии. Ему было свойственно умение выделить главное звено в работе и сосредоточить на нем все внимание. Довелось ему поработать и с иранскими курдами, он бывал в их горных селениях и там обретал среди курдских лидеров друзей СССР. Известны случаи, когда иностранцы соглашались на сотрудничество с советской разведкой лишь благодаря обаянию этого человека, потому что видели в нем достойного представителя великой страны.
В 1946 году И.И. Агаянц снова в Париже: было признано необходимым усилить деятельность нашей резидентуры в послевоенной Франции. В 1946–1947 годах там проходили крупные международные конференции по заключению мирных договоров со странами — бывшими союзницами Германии и по ее демилитаризации. «Как и в Тегеране, — вспоминает бывший сотрудник резидентуры А.И. Алексеев, — Ивану Ивановичу пришлось организовать работу по оказанию помощи советской делегации, возглавляемой В.М. Молотовым и А.Я. Вышинским. По приезде в Париж И.И. Агаянц, учтя довольно благоприятную обстановку в стране и широкие возможности для ведения разведывательной деятельности с официальных позиций, поставил перед сотрудниками резидентуры задачу установления доверительных отношений с членами различных делегаций, участвовавших в конференции… и подсказал пути установления контактов с ними». Сам он поддерживал широкие отношения как с французами, так и с другими представителями. «Неоднократно нас принимал В.М. Молотов, — рассказывает А.И. Алексеев, — и не только благодарил за полезную работу, но и ставил задачи по освещению тех или иных интересовавших советскую делегацию вопросов».
Резидентура в целом решила их, и ее деятельность получила позитивную оценку Центра.
С помощью надежной агентуры резидентура сумела добыть секретный вариант «плана Маршалла», который дал советской делегации возможность разоблачить корыстную политику США в Европе. Только этих результатов, достигнутых за год работы И.И. Агаянца во главе резидентуры, хватило бы для того, чтобы оценить его как крупного разведчика-руководителя, внесшего большой вклад в укрепление позиций СССР на международной арене.
Парижская резидентура под руководством Ивана Ивановича резко прибавила в работе: был расширен круг источников за счет хорошо осведомленных людей, а несколько человек из старой агентуры по заданию резидентуры смогли устроиться на важные государственные посты. Так, например, наша разведка была в курсе мероприятий французской контрразведки и, главное, знала планы и дела отдела, занимавшегося вопросами СССР. Это позволило предотвращать провалы наших агентов и сорвать ряд готовившихся провокаций против советских работников во Франции.
И.И. Агаянц был не только талантливым разведчиком, но и политиком и дипломатом, никогда не замыкался в рамках узковедомственных интересов. Он всегда поощрял тех работников, которые активно работали по линии прикрытия, и сам подавал в этом отношении пример подчиненным. По инициативе Ивана Ивановича и при его личном участии были возвращены в СССР 50 полотен известного художника П.П. Кончаловского, оказавшиеся в Париже. Для этого он договорился с В.М. Молотовым, разрешившим воспользоваться его самолетом, на котором картины и были доставлены в Москву. П.П. Кончаловский высказал большую благодарность разведке за возвращение его полотен. Также по инициативе И.И. Агаянца были получены и переправлены в СССР архивы композитора С.В. Рахманинова, дневники писателя Р. Роллана и т. д. Всю эту работу он организовывал лично.