В сентябре 1947 года Иван Иванович вернулся из Парижа в Москву и возглавил одно из управлений Комитета информации при МИД СССР (внешняя разведка тогда переживала период реорганизации), проработав там до 1952 года. Радикально изменившаяся международная обстановка требовала от советской разведки пересмотра многих прежних форм и методов деятельности. Время диктовало необходимость обратить особое внимание на акции содействия внешней политике СССР. Теперь вопрос об акциях влияния (в то время они обозначались термином «активные мероприятия») ставился значительно шире: речь шла о срыве антисоветских планов и намерений стран Запада, о которых разведке было или становилось известно.
Однако процесс практической реорганизации разведдеятельности в сфере активных мероприятий шел медленно. Наконец в 1959 году в разведке было создано специальное подразделение (отдел «Д»), который должен был играть роль организатора и координатора всей работы внешней разведки в области разработки и реализации активных мероприятий. Руководителем отдела был назначен И.И. Агаянц. По своему опыту, диапазону знаний, государственному мышлению и способности выдвигать новаторские идеи И.И. Агаянц оказался в «нужное время в нужном месте». По существу, с учетом новых задач начинать приходилось с нулевого цикла, но в скором времени его руками был создан важный орган разведки, призванный помочь решению многих задач советской внешней политики.
У И.И. Агаянца был ярко выраженный дар подбирать и умело расставлять кадры, ставить перед ними задачи с учетом деловых и личных качеств, способностей и возможностей того или иного работника. Другим даром было умение наладить взаимодействие, организовать оптимальное решение задачи. Работая в отделе «Д», он контактировал с сотрудниками аппарата ЦК КПСС и широким кругом представителей внешнеполитических ведомств. Все они относились к Ивану Ивановичу с большим уважением.
Большинство из подготовленных отделом «акций влияния» дали весомые результаты. Можно без преувеличения сказать, что новый этап деятельности разведки в области «акций влияния», других активных мероприятий неразрывно связан с именем И.И. Агаянца. Именно при нем родилась наиболее результативная форма активных мероприятий — комплексные акции, которые обрели упреждающий, наступательный и долгосрочный характер.
В конце 1965 года работа И.И. Агаянца как начальника отдела «Д» получила следующую оценку: «Полковник Агаянц И.И. в разведке работает более 30 лет, с 1940 года — на руководящих должностях, трижды находился в долгосрочных командировках в капиталистических странах, причем дважды в качестве резидента КГБ. Завербовал нескольких ценных агентов, которые по настоящее время являются источниками получения весьма важной документальной информации.
С 1959 года работает начальником отдела «Д». Благодаря правильной организации работы отделом успешно проведен ряд активных мероприятий, направленных на разоблачение планов США и оказание влияния на позиции правительств, генштабов и разведок противника по политическим, экономическим и военным вопросам. Принимал участие в выполнении заданий инстанций по срыву агрессивных планов США против Кубы, а также Конго и Лаоса…
И.И. Агаянц обладает обширными знаниями, исключительно инициативен и трудолюбив, в коллективе пользуется большим авторитетом как один из наиболее квалифицированных и заслуженных сотрудников разведки.
В настоящее время И.И. Агаянц занимает должность, которая по перечню должностей не подлежит замещению генералами. Однако, учитывая заслуги и многолетнюю деятельность И.И. Агаянца в органах разведки, а также то, что он многие годы занимал должности, подлежащие замещению генералами, считаем возможным в порядке исключения представить его к присвоению звания генерал-майора». 16 декабря 1965 года Совет Министров СССР принял постановление о присвоении И.И. Агаянцу звания генерала. Нет сомнений в том, что это звание он заслужил много раньше. «Паркетным генералом» он никогда не был.
Иван Иванович был глубоко убежден в важности разведывательной деятельности для нашего государства. Его преданность делу была поистине безмерной, как и его добросовестность и трудолюбие. Он говорил: «Если бы можно было объективно и беспристрастно взвесить и сравнить достижения нашей разведки и других, недружественных нам разведок, то предстала бы захватывающая дух общая картина удивительных и выдающихся успехов, коллективного подвига советских разведчиков».