Кан-си победил в длительной борьбе между имперским правительством и предводителями знамен. Победа, однако, заслонила другую потенциально смертельную угрозу для династии. Эта угроза заключалась в существовании могущественных китайских военачальников на юге Китая. Последние перешли на сторону маньчжуров при падении династии Мин. Они и их китайские войска сыграли решающую роль в завоевании Цинами Южного Китая, впервые в китайской истории обеспечив маньчжурской династии контроль над всей территорией страны. За это Цин пожаловала им титулы и отдала под их начало южные провинции, которые они помогали завоевывать. Формально находясь под властью цинского императора, они продолжали командовать собственными войсками и собирать налоги в свою пользу, а также руководить местной администрацией. Они также получали значительные субсидии из казны Цин, хотя нередко действовали наперекор чиновникам империи, назначаемым в этот регион[333].
Наиболее могущественным китайским военачальником был У Сань-гуй, бывший командующий обороной Шаньхайгуаньского прохода, который способствовал маньчжурам в захвате Пекина. В 1659 г. У Сань-гуй надежно закрепился в Юньнани и стал управлять почти всем Юго-Западным Китаем. Кан-си попытался решить проблему южных военачальников, не позволяя им передавать посты по наследству и переводя их на должности руководителей стратегически менее важных районов. У Сань-гуй отказался передать власть и в 1674 г. поднял восстание. К нему присоединились другие местные военачальники. Вспыхнуло так называемое восстание Саньфань, известное также как «война трех князей-данников». Это восстание охватило весь юг Китая от юговосточного побережья до Сычуани на западе и Шаньси на севере. Маньчжуры, столь ревностно боровшиеся с коррупцией в государственном и правительственном аппарате, не смогли разглядеть грозную опасность вторжения с юга. Цинскую столицу Пекин охватила паника. Некоторые маньчжуры даже предлагали покинуть Китай и укрыться в более безопасной Маньчжурии. У людей, хорошо знавших историю, могло возникнуть довольно мрачное сравнение с наступлением Северной Сун в XI в., когда под контролем киданей остался лишь мизерный участок земли в Китае, или с изгнанием Минами монгольской династии Юань в XIV в. С позднетанского времени юг был самым густонаселенным и высокопродуктивным районом Китая; теперь он находился в руках восставших.
Кан-си принял жесткие меры, подавил панику в столице и организовал систему обороны, включавшую в себя укрепление флангов и других стратегически важных районов, чтобы предотвратить распространение восстания на север. Первоначально он использовал маньчжурских командующих и знаменные войска, которые были под началом членов императорской фамилии. Однако они потерпели неудачу, разрушив миф о своей непобедимости и убедив императора в том, что он не может полагаться в защите династии только на маньчжуров. Тогда Кан-си обратился к войскам зеленого знамени, солдатами и военачальниками которого были лояльные трону китайцы. Они действовали успешнее, чем армии восставших, и постепенно переломили ситуацию. К 1677 г. повстанцы были оттеснены в горы на юго-западе страны, однако окончательная победа над ними не была достигнута вплоть до 1681 г., когда умер У Сань-гуй.
Завершение этого восьмилетнего противостояния наконец позволило династии Цин установить прямой контроль над всем Китаем, в пределах которого у нее уже не существовало соперников. Провал военного маньчжурского руководства и эффективное использование войск зеленого знамени также указывали на консолидацию государственной системы Цин. Ни предводители знамен, ни старые китайские союзники уже не могли считать себя независимыми от власти Кан-си. Маньчжурские представители знамен, в частности, не могли больше считаться военным оплотом империи, так как не справились с возложенными на них обязанностями. Отныне и навсегда маньчжуры могли сохранять свое положение только поддерживая династию и надеясь получить благосклонность императора. Теперь Кан-си также мог назначать китайцев на гражданские и военные посты по своему усмотрению. Именно он примирил традиционную китайскую бюрократию с властью маньчжуров. Борьба с восстанием также обеспечила Кан-си закаленными в боях войсками и хорошо отлаженной военной машиной. Впервые с момента падения Пекина династия Цин обратила свое внимание на Внутреннюю Азию.