Регенты также делегировали значительные полномочия Совещательному совету князей и министров. Первоначально это был совет маньчжурской знати, который затем долго находился в состоянии упадка, частично из-за того, что был заполнен лицами неманьчжурского происхождения, лояльными императору. При Обое все, кроме маньчжуров, были оттуда изгнаны, и совет стал играть ключевую роль в руководстве военными делами. Это делалось для того, чтобы сохранить монополию маньчжуров в военной сфере. Подобно институту рабов при Управлении императорского двора, Совещательный совет князей и министров был задуман как постоянная политическая опора маньчжурской знати. Чтобы подчеркнуть важность союза с монголами, регенты восстановили значение Управления по делам чужеземцев, утраченное при Шунь-чжи.
Все эти шаги преподносились как возвращение к исконным маньчжурским ценностям, которые должны были уберечь династию Цин от тлетворного китайского влияния. В действительности это была попытка возрождения традиций маньчжурского коллегиального правления в правительстве Цин. Попытка провалилась, потому что было слишком поздно возрождать давно умершие традиции и потому что Обой обрек себя на поражение, воспользовавшись своей властью для сведения старых счетов с предводителями других знамен.
Обой стремился восстановить справедливость в отношении принадлежащего ему окаймленного желтого знамени, которая была попрана Доргонем при завоевании Пекина более 20 лет тому назад. Когда Доргонь распределял участки земли вокруг столицы между маньчжурскими знаменами, он нарушил традиционный порядок старшинства, отдав лучшую землю своему простому белому знамени, а не окаймленному желтому знамени императора. Обретя власть, Обой потребовал, чтобы знамена поменялись землями, несмотря на возражения чиновников, указывавших на огромные трудности, которые при этом возникнут. Обмен землями состоялся в начале 1667 г. и потребовал переселения около 60 000 представителей знамен и еще большего числа китайцев, которые на них работали. Это предприятие объединило могущественных предводителей других знамен против Обоя, и они стали поддерживать партию, которая ратовала за отмену регентства. Именно использование власти в мелких, сиюминутных интересах всегда ослабляло маньчжурские знамена перед лицом императорской власти. Хотя маньчжурская знаменная знать поддерживала идею участия племен в делах правления, на практике ее различные группы не могли сотрудничать друг с другом. Позднее император Кан-си воспользовался раздорами между предводителями знамен, чтобы избавиться от всех институциональных изменений, осуществленных Обоем.
Кан-си принял бразды правления в начале пресловутого обмена землями в августе 1667 г. Несмотря на официальное прекращение регентства, Обой продолжал действовать как диктатор, назначая своих сторонников на всевозможные посты в правительстве. Однако наряду с этим набирал власть и император, который в 1669 г. сместил Обоя и арестовал его. Последний умер в тюрьме. Партия, поддерживавшая Обоя, была отстранена от дел правления, а многие ее представители казнены. Кан-си удалил значительную часть знаменной знати с ключевых постов в правительстве, и она никогда в дальнейшем не играла самостоятельной роли в спорах о престолонаследии. Однако влияние предводителей знамен в племенной политике было трудно уничтожить полностью, поскольку они продолжали оставаться вассалами принцев из правящего дома Цин и в этом качестве сыграли важную роль в следующей передаче власти в 1723 г. Лишь во времена правления императора Цянь-луна эта последняя связь власти с племенами была оборвана и представители знамен стали подчиняться непосредственно императору.
Кан-си продолжил политику, направленную на централизацию, и открыл эпоху полного перехода власти в руки императора. Он уничтожил власть предводителей знамен, хотя и сохранил структуру некоторых учреждений, созданных Обоем. Например, продолжило свою работу Управление императорского двора. Оно являлось внеиерархическим учреждением и находилось под личным контролем императора, так и не став центром влияния маньчжурских племен на двор. Управление превратилось в крупный государственный институт, который способствовал укреплению императорской власти как над маньчжурами, так и над китайцами. Важен был не личный состав Управления (евнухи или рабы), а его функции. Рабы были связаны с императором так же тесно, как и минские евнухи, и никогда не были выразителями интересов племен. Кан-си также восстановил Главный секретариат и другие минские учреждения, перенятые Доргонем и служившие личным интересам императора. Совещательный совет князей и министров, который задумывался Обоем как основа для сохранения власти племенной знати в правительстве, был очищен от сторонников опального регента и низведен до уровня организации, занятой решением вопросов, не представляющих большой важности.