В том же году он нанес очередной удар по уже покоренному, но еще сильному, способному восстановить свое могущество Новгороду, который перестал быть господином своей судьбы, но оставался при этом Великим. Ивану III доложили о заговоре против наместника Москвы Якова Захарьевича, и великий князь приказал схватить заговорщиков. Много людей пострадало в тот год. Слуги Ивана кому-то отрубили головы, кого-то повесили. А семь тысяч человек вывезли из Новгорода. На следующий год из города вывезли и поселили в Нижнем Новгороде еще тысячу человек. Более восьми тысяч знатных купцов были признаны виновными в заговоре против наместника царя! Для заговора это слишком много. Убить Якова Захарьича могли бы и несколько человек. То был не заговор. Впрочем, Ивану III разбираться в подобных мелочах было некогда. Новгород, расположенный на торговой вилке, в устье двух торговых потоков Восточной Европы, мог в любую минуту воскреснуть, ожить. И против этого великий князь ничего не имел. Он не хотел, чтобы воскрес Господин Великий Новгород. Никаких господинов, никаких великих в стране быть не должно: об этом знает любой уважающий себя самодержец, даже очень сильный, а тем более – слабый. Иван III Васильевич еще не раз обратит свой грозный взор в сторону Новгорода.
В 1489 году центральная власть окончательно покорила Вятку. Самые яростные местные приверженцы старых, республиканских обычаев были казнены, богатые и знатные жители Вятки расселены в Боровске, Алексине, Кременце, а торговые люди – в Дмитрове. Их место на родине заняли законопослушные обитатели московской земли.
В этот же период великий князь пытался наладить контакты со странами Европы, с Турцией, с ханом Чагатайским, в Москву прибывают из Италии и Германии мастера, в столице начинается коренное переустройство, в результате которого город обрел очертания, определившие на века облик златоглавой столицы.
