Преступления, совершенные по приказу Сталина и Политбюро, проходили на виду нового, коммунистического правительства Эстонии, перед глазами тех левых идеалистов из эстонского гражданского общества, кого, по словам Жданова, выбрал народ в ходе т.н. свободных выборов. Трудно представить себе, что они могли предвидеть такой террор. После войны, когда вновь начались советские репрессии, застрелился премьер-министр Йоханнес Варес-Барбарус. НКВД заклеймил ярлыком буржуазного националиста и сослал в лагерь заместителя министра, профессора истории Тартуского университета Ханса Крууса. Так же поступили со всеми эстонцами – членами марионеточного правительства, вместо них были назначены новые руководители – воспитывавшиеся в России эстонцы и русские.
Аресты эстонцев, депортация и расстрелы объяснялись справедливой ненавистью и местью рабочего класса, их уничтожали как буржуазию, как угнетателей трудового народа.
Врагов народа преследовали везде. Историк Айги Рахи-Тамм просмотрела десятки тысяч карточек. «В области охоты на классового врага Советский Союз имел долгий опыт. Органы советской госбезопасности нуждались в «компрометирующих документах» для очистки общества от «чуждых элементов». Еще в 1918 году в Петрограде при Историко-революционном архиве была создана специальная комиссия, занимавшаяся сбором компрометирующих материалов. В 1938 году этот архив был передан в ведомство Народного комиссариата внутренних дел СССР, именно это событие можно напрямую связать с размахом массовых репрессий. В 1939 году наркомом внутренних дел СССР и Центральным управлением по делам архивов была введена картотека антисоветских элементов, называемая картотекой политической окраски. Категорий лиц «с политической окраской» было 27. Картотека включала миллионы людей. 23 октября 1940 года отделения НКВД Эстонии, Латвии и Литвы тоже получили указание на составление картотек контрреволюционных элементов – чтобы выявить врагов советского порядка, следовало систематически пересмотреть все интересующие архивные документы. На каждое подозреваемое лицо составлялась специальная карточка, где писались имя, фамилия человека, год и место рождения, фиксировались место работы и должность, разные компрометирующие связи и ссылка на источник. На всех надлежащих людей составлялись списки в трех экземплярах, которые срочно следовало переправить в Центральное управление архивов, находящееся в ведомстве НКВД». Айги Рахи-Тамм потрясло то, как это ужасный материал начал влиять на ее работу: «Работая с таким материалом, это начинает давить на тебя. Ты видишь там не только политическую элиту, но и обычного человека и то, как много было накоплено на него материалов. Это пугает всех, кто видит эти материалы. Возникает вопрос, как эти люди попали в списки, и имеются ли сегодня такие списки на нас? Это вполне естественный вопрос, который задают все, кто сталкивается с этим материалом. В 1940–1941 году в Эстонии было составлено 38 000 карточек политокраски и на запросы органов госбезопасности было составлено 28 000 ответов. Относительно Эстонии, это огромные цифры, и архив был обязан отвечать на запросы органов в течение 24–48 часов. Это значило, что система должна была получать информацию очень быстро. Отмечали все дела, совершенные человеком во имя блага своего народа. Все это объявлялось преступлением против революционного движения СССР. Общественная работа и все другие формы деятельности (участие в Освободительной войне, партийная деятельность, работа в культурных советах национальных меньшинств, деятельность в Кайтселийте и т.п.), в которой граждане Эстонии принимали активное участие, вся эта деятельность фиксировалась и вводилась в карточку. Это было нужно для того, чтоб гарантировать в Эстонии советский порядок,. Что действовало лучше, если не насилие?»
