После этого император Цзинь решил перенести столицу государства в Кайфын. Этот шаг Чингисхан посчитал враждебным, ведь император не доверял слову монголов о ненападении. Одновременно с этим двухтысячный отряд императора взбунтовался против переноса столицы и захотел присоединиться к монголам. Чингисхан понял, что его час пробил. В сентябре войско монголов вновь подступило к стенам Чжунду. Перед тем как сдаться, город долгое время был в осаде, и жители были вынуждены питаться человечиной, чтобы не умереть от голода. 1 июня Чжунду сдался, и началась бойня. Монголы истребили все население. Город горел еще месяц. Через год посол государства Хорезмшахов засвидетельствовал полное уничтожение Чжунду. Тут и там валялись человеческие кости. Земля была жирной от человеческих останков. Посол рассказал, что 60 000 юных девушек сбросились с городских стен, чтобы не попасть в руки к монголам.
Монгольская армия продолжала победоносное шествие по северным землям Цзинь. Был захвачен город Пэй-Чинг, где полководец монголов Мухали (чье имя означало «крупица золота») приказал убить всех, кроме плотников, столяров, каменщиков и актеров.
Мусульманское государство Хорезмшахов в Средней Азии стало следующей целью Чингисхана. Государство обрело независимость в конце XI века. Оно располагалось на территории нынешнего Узбекистана, между реками Амударья и Сырдарья, впадающими в Аральское море. Греки называли эту землю Трансоксанией. Шах Хорезма Мухаммед II был не особенно умным, но высокомерным правителем. Он отказался стать союзником Чингисхана и вести с ним переговоры о возможном торговом сотрудничестве. Когда Чингисхан в 1218 году отправил в Хорезм группу дипломатов и купцов, шах казнил посланников. Это дало Чингисхану повод начать завоевательный поход на Запад.
В следующем году Чингисхан собрал армию, в которую вошло от 150 000 до 200 000 всадников. С собой он взял четверых сыновей, каждый из которых командовал своим войском.
В 1220 году была взята Бухара. Чингисхан на коне ворвался в мечеть и швырнул в грязь свитки Корана. Местные жители предпочитали убивать женщин, нежели видеть их в руках монголов. Те имели обыкновение заставлять мужей смотреть, как они насилуют их жен. Бухара сгорела дотла. Когда Чингисхан захватил город, он повелел привести 280 знатных горожан. Когда те выстроились перед ним, он заявил, что пришел как наказание за грехи с Небес. Если бы горожане жили праведно, Высшие силы не наслали бы Чингисхана и его воинов, чтобы наказать Бухару. Жители Бухары в итоге потеряли все нажитое, но сохранили жизнь. Этот рассказ записал персидский историк и государственный деятель Джувейни, живший в XIII веке.
Оставшихся в живых разделили на группы. Молодых мужчин отправили на военную службу, женщин и детей — в рабство, а ремесленников, таких как кузнецы и кожевники, приставили к работе. После этого Чингисхан выдвинулся в Самарканд, крупный город Хорезма. За ним следовали пленные, и их работой было уничтожать то, что не уничтожили монголы. Они разбили лагерь у городских стен.
Знать и купцы Самарканда сдались, а остальных постигла та же судьба, что и жителей Бухары. Шах Мухаммед погиб, пытаясь сбежать. Из 350 000 жителей Самарканда в живых осталась четверть — и это был город, «избежавший» настоящего гнева монголов. Из оставшихся в живых жителей лишь 50 000 смогли купить себе свободу, а те, кто был беднее, стали рабами.
После захвата Самарканда Чингисхан позволил себе легкую летнюю передышку в оазисе Насаф, что к югу от захваченного города. После отдыха настала очередь разрушить Термез, что на границе нынешних Узбекистана и Афганистана. Какие-то города Чингисхан щадил, но если он сталкивался хотя бы с малейшим сопротивлением, то пощады ждать не приходилось. Поведение Чингисхана было непредсказуемым. Так, он пообещал сохранить жизнь людям из города Балх, если те сдадутся, однако не сдержал слово — и погибли тысячи. Когда в 1222 году этим же путем он шел обратно, то убил всех выживших во время прошлого похода и разрушил оросительные системы, на строительство которых ушли сотни лет.
В 1221 году Мерв, один из крупнейших городов мира и важный торговый пункт на Великом шелковом пути, отказался сдаваться. Приток беженцев из разоренных городов увеличил население города, располагавшегося на территории современного Туркменистана. Когда в итоге Мерв сложил оружие, на пощаду рассчитывать не пришлось. Сын Чингисхана Толуй, отец будущего правителя Китая Кублай-хана, пообещал не убивать горожан, если те сдадутся, но обещание свое не сдержал. Четыре сотни ремесленников и нескольких детей пощадили, взяв в рабство. Остальных собрали перед воинами, и каждому досталось три-четыре сотни жителей Мерва, которых надлежало казнить. По оценкам историков, число жертв составило 700 000 человек. Город так никогда и не оправился от нападения монголов. Следующим на очереди был Нишапур — он также был захвачен и уничтожен.
