Французская Директория, взявшая на себя функции управления первой Французской республикой, дала Наполеону карт-бланш на проведение кампании в Египте, но запретила продвигаться далее. Наполеон мог отправляться на Восток при условии, что сам оплатит расходы на этот военный поход. Деньги были получены в первую очередь путем разграбления Ватикана. Дополнительные финансы Наполеон раздобыл, напав на Швейцарию. Когда генерал наполеоновской армии Гийом Брюн уезжал из Швейцарии, дно его кареты отвалилось под тяжестью золота. Швейцарцев, которые противились грабежам, убивали. Бальтазар Шауэнбург жестоко убил полтысячи гражданских в Нидвальдене. Уничтожались целые деревни. Дурная репутация наполеоновской армии росла. По всей Европе появление наполеоновских солдат означало грабежи, изнасилования и убийства.
Наполеон умело манипулировал общественным сознанием. Чтобы получить одобрение народа, египетский поход представили публике как научную экспедицию. Сто шестьдесят ученых и исследователей отправились с войском Наполеона. К ним также присоединились писатели, художники и даже один воздухоплаватель на воздушном шаре! Тем не менее в народной памяти из научных открытий отложился разве что Розеттский камень, с помощью которого Жан-Франсуа Шампольон смог раскрыть загадку иероглифического письма. Ученые и художники, присоединившиеся к Наполеону, были прекрасным орудием пропаганды. Захват Египта превратился в просветительскую миссию.
19 мая Наполеон со своим войском выступил в поход. В июне он добрался до Мальты, где подкупом и угрозами заставил мальтийских рыцарей сдаться. Он не преминул ограбить церкви, после чего провозгласил Мальту частью Франции. За месяц остров получил новое правительство и конституцию. В июле Наполеон уже стоял у пирамид Гизы на подступах к Каиру.
Поход не воодушевил Наполеона. В июле он отправил письмо своему брату Жозефу, в котором писал: «Я устал от человеческой природы. Мне хочется одиночества. Величие навредило мне, ожесточило мои чувства. Слава — это так скучно, когда тебе двадцать девять. Я попробовал уже все. Мне ничего не остается, как стать законченным эгоистом». Молодой амбициозный военный умирал от скуки, поскольку не знал другого занятия, кроме завоевательных войн.
Наполеон напал на Александрию и Сирию, захватил Газу и Яффу. Его солдаты вели себя невероятно жестоко. В Яффе Наполеон приказал казнить взятых в плен турок. Три тысячи человек закололи штыками или утопили — солдаты экономили патроны. После этого захватчики сосредоточились на городских жителях — не пощадили даже женщин и детей. Резня и изнасилования продолжались три дня.
Во время захвата Яффы солдаты начали страдать от лихорадки и головных болей. Спустя несколько дней у них начали распухать руки. Наполеоновскую армию поразила чума. Наполеон посетил лазарет в Яффе, чтобы навестить заболевших солдат. Спустя три дня он отправился в Хайфу и Акру с оставшимся войском. Осада Акры длилась два месяца, за это время среди солдат распространилась чума, что заметно снизило боевой дух. Наполеон принял решение вернуться в Египет. 27 мая 1799 года он отдал приказ отравить оставшихся в Яффе чумных солдат. О беспринципности Наполеона немало говорит и тот факт, что он заказал у художника Антуана Гро полотно, на котором изображен помогающим страдальцам. В наши дни картину «Наполеон возле больных чумой в Яффе» можно увидеть в Лувре.
Несмотря на то что Наполеон не чурался упорного труда, он также был нетерпелив и иногда поспешно принимал решения. Страдали в этом случае приближенные. Когда из Европы пришли дурные вести о том, что Австрия объявила Франции войну, Наполеон использовал это как предлог для того, чтобы бросить армию в Египте и отправиться «спасать» Францию. Он произнес прочувствованную речь перед своими генералами, в которой целый час осуждал Директорию. В августе 1799 года Наполеон морем вернулся в Европу. Ответственность за солдат он переложил на генерала Жан-Батиста Клебера. По некоторым свидетельствам, Клебер проклинал Наполеона, утверждая, что тот «оставил французов с полными штанами дерьма», и обещал вытереть эти штаны о физиономию будущего императора. Клебер не смог выполнить своих угроз — он был убит в Каире в июне 1800 года.
Во время Египетской кампании Наполеон провозгласил себя защитником ислама. Позже он устроил среди художников конкурс на лучшее полотно о свершениях в Египте, призванное выставить военачальника в положительном свете. Антуан Гро выиграл с картиной «Битва при Назарете», однако положенной награды не получил, поскольку Наполеон не хотел чествовать полотно, прославлявшее победу его бригадного генерала Жана Андоша Жюно.
Инициативность Наполеона была поистине удивительной. Он не только успевал бросаться из одного сражения в другое, но также плел интриги и заводил новые полезные знакомства. В октябре 1799 года, вернувшись во Францию, Наполеон выждал месяц, прежде чем устроить переворот. Захват власти был осуществлен при поддержке армии и банкиров, и его причиной был назван заговор роялистов.
