Все духовно-учебные школы в Японии, а в их числе и православные, считались частными; окончание их не давало никаких признанных государством прав. В 1882 г. Миссией были построены здания духовной семинарии и женского училища. В 1897 г. было построено новое прекрасное здание семинарии на 10000 долларов, пожертвованных Наследником Цесаревичем Николаем Александровичем, который в 1891 г. посетил Японию во время кругосветного путешествия. К сожалению, пребывание в Стране восходящего солнца Цесаревича было омрачено покушением на него в Оцу близ Киото политическим изувером, японским полицейским. Это случилось в понедельник Фоминой недели, 23 апреля 1891 г. По почину и просьбе самих японцев были совершены благодарственные молебны по случаю спасения Наследника (будущего Императора Николая 11). На' особом экстренном поезде, в числе других лиц, из Токио прибыл в Оцу и епископ Николай. Наследник поведал Владыке, что переборол в себе соблазн из-за одного японца возненавидеть весь японский народ.
В семинарию японцы поступали обычно до крещения. Курс семинарии был семилетний, со специальным педагогическим классом для подготовки преподавателей. Все преподавание велось по-японски, по русским учебникам, с течением времени также переведенным на японский язык. Преподавали в семинарии сначала русские миссионеры, потом японцы, окончившие духовные академии в России и семинарию в Токио. Первоначальным ректором был сам архим. Николай, долгое время преподававший догматическое богословие в старших классах. Владыка вложил много своих скудных личных средств в дело духовного образования, сам же ходил дома, как пустынник, в грубом заплатанном подряснике, а по улицам пешком с тростью в руках.
В катехизаторскую школу обычно принимались взрослые японцы на 2—3 года обучения. Интересно описание православного проповеднического дома в Японии в 90-х годах XIX века, под вывеской: “Дом для проповеди православной веры”. Все там было бедно и просто. На стене комнаты — икона, в небольшом шкапчике лежало Евангелие, в углу был столик катехизатора. Круглый год ходил катехизатор по стране пешком, обслуживая несколько общин, причем плохие проселочные дороги способствовали скорому изнашиванию его обуви. Жалованье катехизатора было ничтожно. В 1907 г. училище было закрыто, и катехизаторами могли становиться только окончившие духовную семинарию. В своих окружных посланиях архиеп. Николай писал, что Церковь не может обходиться без школ, иначе число ее служителей оскудеет, поэтому японская Церковь должна быть готова принять их на свое содержание.
Архиепископ всегда сожалел о недостаточном числе женщин-сотрудниц Миссии. Кроме княжны Путятиной, сотрудницей Миссии была одно время Мария Черкасская, уехавшая потом в' Палестину. Православные японки оказались прекрасными миссионерками. Иногда они избирались депутатками своей общины на собор, много помогли раненным и пленным воинам в русско-японскую войну.
Княжна Путятина приехала в Токио служить диакониссой при Миссии в 1884 г. На ее и гр. Орловой-Давыдовой средства было открыто по программе русских епархиальных училищ женское церковное училище в Токио на 100 учениц. Программа была несколько приспособлена к практическому быту японки. В училище молодые катехизаторы помещали иногда своих невест, находя потом в женах хороших помощниц в проповеди. При школе был иконописный класс. Иконами письма японок были украшены некоторые церкви. В другой церковной женской школе в Киото обычно обучалось 20 учении..
