В итоге лодка затонула у пирса, оставив на поверхности только верхушку рубки. Точные причины поступления воды остались не ясны – вероятно, по чьей-то халатности произошло постепенное заполнение кормовых цистерн, что привело к дифференту на корму. Но главной бедой стал палубный люк для загрузки торпед в кормовой отсек: в нарушение приказа Деница держать на лодках все люки закрытыми, он был открыт. Когда корма U 43 ушла в воду по верхнюю палубу, в него хлынула вода, лишив лодку остатков плавучести.
Лют появился в гавани утром и пришел в ужас от случившегося: его субмарина лежала на дне гавани, а на пирсе суетилась огромная толпа – водолазы, портовые рабочие, штабные офицеры. Лодка была поднята уже к семи часам утра следующего дня и отбуксирована на верфь Лориана, но теперь её ждал трехмесячный ремонт с последующей заменой электромоторов и всей проводки. Выход в море был сорван, и ответственность за это, кроме дежурной вахты, лежала на командире корабля. На беду для экипажа U 43, Дениц в это время оказался в Лориане.
Приблизительно вот так же выглядела U 43 после подъема её со дна гавани 5 февраля 1940 года и постановки в сухой док на ремонт. На фото однотипная ей лодка U 37 в доке Лориана.
Лют подложил командующему подводными силами хорошую свинью: на 1 февраля 1941 года кригсмарине располагали всего 30 боевыми субмаринами для действий против британского судоходства в Атлантике, и каждая лодка была для Деница на вес золота. Хорошо еще, что U 43 выбыла из строя всего на несколько месяцев и могла быть восстановлена, но командующий был взбешен:
