Под конец Манко осознал, что в его судьбе все это не сыграло бы никакой роли. Сколько бы он ни дал испанцам золота и серебра, они всегда хотели еще. Давал бы он им сокровища или нет, предоставлял бы им женщин или нет, — их обращение с ним все равно ухудшалось бы день ото дня. Если до этого у Манко еще сохранялись какие-то иллюзии в отношении своих тюремщиков, то теперь они совершенно рассеялись. Манко, несомненно, увидел теперь, кем на самом деле являлись испанцы — фальшивыми виракочами, чужеземцами, единственным намерением которых было подвергнуть разграблению империю, которую создало его собственное семейство.
«Они забрали себе все, что он [Манко] имел, так что теперь у него не осталось ничего, — писал молодой испанский священнослужитель Кристобаль де Молина. — Они заточили его на много дней. Они обращались с ним очень оскорбительно — мочились на него, спали с его женами. Его очень угнетала сложившаяся ситуация».
В то время как Манко находился в унизительном заточении, большинству инкских вождей, присутствовавших на подпольном собрании, удалось бежать из Куско в ту ночь, когда император был схвачен. Они сразу же рассеялись по всем провинциальным областям, распространяя призывы Манко начинать подготовку восстания. В инкской системе государственного правления губернатору провинции подчинялись местные вожди (кураки), в свою очередь, у них в подчинении находилось от нескольких сотен до нескольких десятков тысяч семейств простых людей. Поскольку все еще функционировала инкская цепочка управления: император — губернатор — курака — простой обыватель, Манко продолжал сохранять достаточно ощутимую власть над вверенным ему населением. Система социальных приводов, составлявшая Инкскую империю, после длительного бездействия начала постепенно, со скрипом приходить в движение. Теперь, несмотря на смуту последнего времени, многие провинции начали реагировать на решительный приказ императора: «Готовьтесь — пришло время начинать войну против захватчиков».
Одним из наиболее значимых деятелей из числа тех, кому удалось бежать в ночь пленения Манко, был генерал Тисо, его дядя. Генерал Тисо немедленно направился в горную область Хауха, находящуюся примерно в двух сотнях миль к северу, — в этой области генерал Кискис воевал с испанскими войсками, прежде чем отступить в Эквадор. Там Тисо и приступил к подготовке восстания. Также и другие вожди, вернувшись в свои провинции, занялись подготовкой к мятежу. Инкские лидеры уже по опыту знали, что с испанцами бороться трудно, поскольку те были хорошо вооружены и действовали крупными военными группами. Намного легче было бы уничтожать их тогда, когда они находились в отрыве от основных сил, и особенно в те моменты, когда конкистадоры отправлялись в свои энкомьенды, чтобы проконтролировать сбор податей.
В ноябре 1535 г. в области Кольяо в изолированно расположенных энкомьендах местными туземцами были убиты два энкомендеро — Мартин Домингес и Педро Мартин де Могер. Последний когда-то был моряком и присутствовал при захвате Атауальпы в Кахамарке. Он был одним из трех европейцев, направленных Писарро в Куско, для того чтобы проконтролировать сбор выкупа за Атауальпу. Могер позднее принял участие в дележе сокровищ Куско, и он был одним из тех 88 конкистадоров, что приняли решение остаться в этом городе, — он получил энкомьенду в провинции Кольяо. Явно не осведомленный о резком изменении политической обстановки в провинции, богатый энкомендеро отправился инспектировать свои владения. Там он и был убит. Путешествие Могера в Новый Свет, которое среди прочего включало в себя совершенно сказочную поездку на королевских носилках из Кахамарки в Куско, имело резкий, обрывистый конец.
После убийства Могера и Домингеса в Кольяо индейцы начали убивать и других испанцев подобным же образом, поджидая, пока какой-нибудь энкомендеро не выедет один из города. В области Кунтисуйю, лежащей к юго-западу от Куско, туземцы убили конкистадора Хуана Бесерриля. Последний не принимал участия в резне и грабежах в Кахамарке, однако он был сказочно богат, получив свою долю золота и серебра в Куско. Вскоре после этого местный курака сообщил испанцу Симону Суаресу, что на его энкомьенде туземцы собрали для него подати и что Суаресу следует поехать туда и забрать их. Суарес так и сделал — он угодил в засаду и был убит.
В разных регионах в центральной и южной частях Перу отряды мятежных индейцев продолжили осуществление своей тактики поджидания или выманивания ничего не подозревающих испанцев из безопасных для них городов. В течение нескольких месяцев с момента первого тайного собрания, организованного Манко, туземные повстанцы убили более 30 испанцев — это количество превышало число погибших за весь трехлетний период завоевания.
