Позитивный эффект от деятельности нового короля в немалой степени определялся удачно сколоченной командой советников, которых он отбирал из разных лагерей. По примеру предыдущих королей, Генрих издал «хартию вольностей», которая однако выделялась своей сдержанностью – по-видимому, монарх не желал брать на себя много определенных обязательств, а предпочитал заниматься преобразованием страны в оперативном режиме. Во-первых, при Генрихе II было налажено функционирование Шахматной палаты (высший финансовый орган, учрежденный, скорее всего, при Генрихе I. По крайней мере, к периоду его правления относится самое раннее упоминание о таком органе); во-вторых, король распустил иноземных наемников; в-третьих, разрушил замки, незаконно возведенные в предыдущие годы, и лишил титулов многих из тех аристократов, которые стали графами при Стефане или Матильде; в-четвертых, собрал под властью короны земли, которые в прежние годы были нелегально отчуждены. Постепенно к Англии возвратились ранее потерянные территории, а шотландский коллега английского короля, его двоюродный брат Малькольм IV, поклялся в верности Генриху. Случилось это в 1157 г.
Впрочем, Туманным Альбионом Генрих занимался не больше, чем родным Анжу. За 35 лет своего правления он уделил Англии чуть больше трети всего времени. Рекорд продолжительности безвыездного пребывания там не превышал 2 лет. В остальном Генриха заботили французские дела. Когда скончался его брат Жоффруа, граф Бретани, то власть в этой провинции досталась графу Конану. Тогда английский монарх предъявил претензии на Нант. Позднее была осуществлена помолвка Готфрида, маленького сына Генриха, с малолетней дочерью Конана Констансой. В итоге Готфрид вошел в число наследников графа.
После улаживания ситуации на материке король вернулся за Ла-Манш. В 1163 г. он и архиепископ Кентерберийский серьезно разошлись в оценке церковных судов. Если первый хотел их отменить, то второй всячески препятствовал. Постоянно натыкаясь на упорное сопротивление, Генрих постепенно терял терпение и в конце концов привлек церковника к суду на основании несправедливых обвинений. Тогда архиепископ сбежал во Францию, а папа и французский король поддержали его. Поскольку Генриху требовалось содействие папы для завоевания Ирландии, он сменил гнев на милость и духовник смог вернуться в Англию. Однако вынужденное бегство совершенно не изменило поведения архиепископа, и он продолжал проклинать всех гонителей Церкви. Когда об этом узнал Генрих, то пришел в ярость и раздосадованно воскликнул: «Неужели из всех моих нахлебников не найдется ни одного, который бы избавил меня от этого мятежника?» Вероятно, король не имел в виду ничего конкретного и сказал так в эмоциональном порыве, но как бы там ни было, однажды группа нормандских воинов ворвалась в церковь и убила архиепископа. Новость быстро разнеслась по странам Западной Церкви и вызвала бурное негодование. Римский папа пригрозил английскому королю отлучением от Церкви и наложением на Англию интердикта (запрета на совершение церковных обрядов в пределах определенной территории). Чтобы избежать наказания, Генриху пришлось пойти на существенные уступки Церкви.
Не дождавшись окончания конфликта, в 1171 г. Генрих направил свои войска в Ирландию, где три королевства, кроме Ольстера, впечатленные армией завоевателей, принесли английскому королю присягу на верность. Хотя в этих землях сразу были введены английские законы и администрации, повсеместное распространение они получили еще нескоро.
Генрих не мог уделять Ирландии абсолютное внимание, поскольку был вынужден разрешать конфликтные ситуации на континенте, а также в собственной семье. Он не любил свою супругу Элеонору Аквитанскую с той поры, как заполучил ее земли. Страстная и мстительная женщина отвечала мужу взаимностью и, хотя родила ему 8 детей, старалась настроить их против отца. Впрочем, Генрих и сам своим деспотичным к ним отношением благополучно добивался этой цели. Трое сыновей, раздраженные тем, что он не желает делиться властью, отправились во Францию и объединились с тамошним королем Людовиком VII, чтобы всем вместе противостоять Генриху. Последовавшая за детьми Элеонора была схвачена и заточена в темницу. В то же время поднял восстание шотландский король.
Генрих сначала частично решил проблему во Франции. Благодаря решительности и мужеству, ему сопутствовала удача. Завершить задуманное не получилось из-за тревожных известий с острова. Король вернулся в Англию и перед походом против мятежников покаялся над могилой архиепископа Кентерберийского, которого ранее преследовал, и направился на север. Наголову разбив шотландцев и сделав шотландского короля вассалом, Генрих прибыл в по-прежнему беспокойную Францию. При появлении английского короля у его сыновей пропало желание продолжать смуту. Они поклялись отцу в верности, а с французским монархом заключили перемирие. Элеонора осталась в тюрьме.