Вся миссионерская структура находилась под общим управлением Владивостокского епархиального комитета Православного миссионерского общества. Его главными задачами можно назвать: 1) содействие развитию миссии, 2) поиск материальных средств и 3) оказание материальной помощи миссионерам, церквам, школам и учителям. К деятельности комитета подключалось как епархиальное духовенство, так и гражданские лица – представители административных органов власти, преподаватели Восточного института, банкиры, купцы, казаки, крестьяне и др. Первоначально действительными членами комитета, внесшими членские взносы не менее 3 руб., считался 41 человек, через одиннадцать лет их количество увеличилось в 1,4 раза до 60 человек, еще через пять лет – в 3,6 раза – около 220 членов комитета. Ежегодно миссионерский комитет проводил собрания, на которых распределялись денежные средства и решались другие важные вопросы. Но, рассматривая отчеты этого епархиального учреждения, можно сделать вывод, что здесь в большей степени занимались решением материальных проблем миссии. В качестве способов их разрешения использовались распространение по приходам и персональным лицам воззваний и подписных листов, проведение кружечных и тарелочных сборов пожертвований в храмах.
В кассу комитета поступали также членские взносы, проценты от неприкосновенного капитала в банке, пособия из совета Православного миссионерского общества и миссионерских комитетов из других епархий. Анализ сведений за 1902 – 1916 гг. показывает, что наибольшие годовые доходы составляли от 13 000 до 14 000 руб. в год. После 1905 г. денежные поступления стали сокращаться, что, понятно, было связано с кризисными явлениями этого времени в церковной и государственной жизни. Через пять лет, произошло новое падение сборов, особенно на территории самой епархии, причинами чего на этот раз явилось уменьшение числа благотворителей, ревновавших о делах миссии.
Конечно, комитет предпринимал ряд действий с целью побуждения верующих к соучастию в миссионерском служении. Скажем, для этого подробные отчеты о деятельности общества ежегодно публиковались во «Владивостокских епархиальных ведомостях» и издавались самостоятельными брошюрками. Тем не менее, это не приносило ожидаемых результатов: по Приморью за год собирали максимум 800 руб., что в среднем составляло до 3 % от общих доходов. Причинами такого явления стали: 1) общие проблемы материального обеспечения приходов, 2) малочисленность и сравнительная бедность православного населения края, 3) увеличение разного рода сборов по церквам, а также 4) непонимание, отдаленность от процесса миссионерства прихожан, большинству их которых были просто непонятны задачи православного миссионерства. Поэтому без поддержки из центра Владивостокский миссионерский комитет не смог бы нормально финансировать свои миссионерские программы. Большая часть сметы покрывалась за счет отчислений из совета Православного миссионерского общества и отдельных епархиальных миссионерских комитетов в европейской России (эти суммы в год составляли от 5 000 до 12 000 руб.).
Данные о расходах епархиального комитета позволяют утверждать, что в корейских станах пытались по примеру Алтайской миссии вести просветительскую и благотворительную деятельность, направляя средства, например, на содержание учителей и катехизаторов, лекарства и аптечки, социальную помощь инородцам, приобретение икон, нательных крестиков, учебников и пособий, издание книг и брошюр.
Отдельной статьей расходов являлось финансирование строительства новых церквей и школ в корейских селах. Но, с учетом небольшого прихода, значительных денег комитет выделить не мог, от 1 500 до 2 000 руб., что никак не могло обеспечить постройки на 100 %. Поэтому строительство миссионерских церквей могло продолжаться только при частной благотворительности. Например, так произошло в 1902 г., когда на новую церковь-школу в с. Заречье поступило 5 023 руб. 73 коп. Да и сами принимавшие православие корейцы постепенно брали на себя заботы о благоукрашении церквей. На волостных или сельских сходах решали сообща собирать пожертвования, например, в с. Пуциловка корейское общество выделило на новый храм 7 000 руб., а жители с. Янчихэ договорились между собой построить новый каменный храм стоимостью до 40 000 рублей.
Деятельность миссионерского комитета позволила улучшить содержание священников в корейских станах. Миссионеры получали жалованье, которое было выше приходского оклада не менее чем на 50 %, составляя от 1 000 до 2 400 руб., но следует заметить, что и дополнительных треб они практически не имели. Особое служение в корейских церквах мог проходить далеко не каждый священник, поэтому периодически происходила их ротация, совсем прекратившаяся лишь с 1910 г. Иными словами, на окончательное решение кадровых проблем во Владивостокской корейской миссии понадобилось 11 лет и таким образом в крае имелось не менее 13 миссионерских священников, что составляло примерно 8 % от общей численности духовенства.