Фактически же Миссия перешла в ведение Владыки Сергия (Тихомирова) в 1923 г., который приезжал в Сеул впервые 1 июля 1921 г., а затем – для знакомства с новой паствой – 30 декабря 1923 г. Дважды, проездом в Токио, – 19–31 августа 1921 и 17 декабря 1923 гг. в Сеуле побывал епископ Камчатский Нестор (Анисимов). 5 марта 1923 г. в соборе Никорай-до за понесенные труды по управлению Миссией архиепископ Сергий (Тихомиров) возвел о. Феодосия в сан архимандрита, а 31 марта 1924 г. рукоположил диакона Луку Кима в сан священника. [23, с. 298–303] Следует отметить, что Корейская Миссия находилась под личным управлением Владыки Сергия и никогда не объединялась с Японской Православной Церковью, в частности, с проживавшими в Корее православными японцами, которых окормляли приезжавшие к ним японские священники. [30, р. 15, 49]
Число этих японцев, селившихся в различных частях Кореи постепенно росло. Вопрос их окормления был решен Собором Японской Церкви, и священник Антоний Такай Макио из Нагасакского прихода, который также окормлял православных японцев, проживавших в Маньчжурии и на Тайване, являлся постоянным японским священником для Кореи в течение почти всего колониального периода. Уже в июле-августе 1919 г. он посетил, по крайней мере, 23 хозяйства православных японцев в Корее, некоторых знакомых русских в Сеуле и Пусане, а также начальника Миссии отца Феодосия. Хотя в это время в Корее проживали, как минимум 100 православных японцев, они никогда не упоминались ни в каких материалах Духовной Миссии, и, таким образом, существовал явный недостаток взаимодействия между японскими и корейскими единоверцами. Одной из причин являлся лингвистический барьер, другой – социальные различия – японцы были гораздо богаче. Определенные связи обеспечивали только русские эмигранты, в частности, отец Антоний Такай дружил с некоторыми проживавшими в Корее русскими. [31, р. 487]
В 1924 г., накануне установления советско-японских дипломатических отношений, Корейская Миссия оказалась перед необходимостью срочной регистрации своей недвижимости, поскольку советские власти пытались претендовать на все церковное имущество за границей на правах преемника Российской империи. Существовала и опасность того, что на имущество Миссии станут претендовать поддерживаемые руководством СССР раскольники-обновленцы. В случае соответствующего договора с Японией, под чьей властью тогда находилась Корея, Духовная Миссия могла лишиться всего своего достояния. Между тем японские власти отказывались признать Корейскую Миссию как самостоятельное юридическое лицо. Регистрация имущества на имя Русской Православной Церкви привела бы к потере собственности в будущем, а регистрация на частное лицо повлекла бы за собой слишком высокое налогообложение, к тому же законность такой регистрации могла оспариваться другими лицами. В этой связи было принято решение включить миссийное имущество в «Имущественное общество Японской Православной Церкви», признаваемое японскими властями в качестве юридического лица (часть собственности еще раньше была зарегистрирована на частное лицо – игумена Владимира, заведовавшего Миссией в 1914–1917 гг.). [19, с. 354–355]
Совет директоров общества возглавлял Токийский архиепископ Сергий, который в письме от 13 июля 1924 г. сообщил отцу Феодосию, что все имущество Миссии зарегистрировано должным образом, уверил в полной неприкосновенности ее авуаров и отправил архимандриту оригиналы соответствующих документов. Вскоре Японская Церковь послала в Сеул своего эксперта по регистрации собственности диакона Моисея Кавамуру, который узаконил юридическое состояние Корейской Миссии, сохранив ее от советского поглощения. [23, с. 294–295] После прекращения нормальной связи с Московским Патриархатом Миссия несколько раз подвергалась попыткам захвата (как имущества, так и церковной власти) со стороны разных лиц. Первая такая попытка была сделана в 1925 г., дело носило имущественный характер и предпринималось лишь в целях наживы. При этом на место архимандрита Феодосия предполагалось поставить корейского священника. Зачинщики акции были силой выведены с территории Миссии русскими эмигрантами, нашедшими приют в Корее в послереволюционные годы.
Следует отметить, что после взятия Владивостока частями Красной армии 25 октября 1922 г. в течение нескольких недель около 15 тысяч русских беженцев прибыли в ближайший корейский порт Вонсан, из них приблизительно 7 тысяч оставались в стране в течение нескольких месяцев или даже лет. К середине 1920-х гг. в Корее еще проживали 2–3 тысячи русских эмигрантов, большинство из которых бедствовали, добывая средства к существованию мелкой торговлей, контрабандой, или случайными заработками. [21, с. 61]