Во многом благодаря самоотверженным трудам отца Феодосия Миссия продолжала существовать, хотя преимущественно ограничивалась церковно-приходской деятельностью. За время его управления Миссией были крещены 75 человек. В 1930 г. архимандрит Феодосий обратился к Владыке Сергию с просьбой освободить его от должности начальника Миссии по состоянию здоровья. С согласия архипастыря он переехал в Токио, где, к глубокому огорчению митрополита Сергия, отец Феодосий в начале 1933 г. заболел крупозным воспалением легких и скончался 23 января того же года. 25 января митрополит Сергий в сослужении 10 японских священников совершил чин отпевания в Никольской церкви на Суругадае; похоронили архимандрита Феодосия в Токио на православном участке кладбища Дзосигая, расположенного недалеко от крупного железнодорожного вокзала Икэбукуро, на севере исторического центра Токио. В 1930 г. прямое управление Миссией взял на себя Токийский архиепископ (со 2 апреля 1931 г. митрополит) Сергий. Из клириков в Корее остался один лишь диакон Алексий Ким Ки Хан. Фактически Миссией управлял приходской совет, в основном состоявший из русских эмигрантов. [19, с. 355–356] Зимой 1930/1931 г. архиепископ Сергий (Тихомиров) сделал своему по прежним петербургским временам близкому другу епископу Севастопольскому Вениамину (Федченкову), проживавшему тогда в Париже и пребывавшему в юрисдикции Московского Патриархата, письменное предложение прибыть к нему на помощь в миссионерской работе и, в частности, встать во главе Корейской Духовной Миссии. Владыка Вениамин первоначально согласился, но, как видно из активной переписки Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Нижегородского Сергия (Страгородского) с архиепископом Сергием (Тихомировым) и митрополитом Литовским и Виленским Елевферием (Богоявленским), временно управляющим западноевропейскими приходами Московского Патриархата, все же было решено, по просьбе Владыки Елевферия, оставить для пользы дела епископа Вениамина в Западной Европе. [11, с. 303–325]
В письме от 5 января 1931 г. митрополит Сергий (Страгородский) поручил Владыке Елевферию побывать в Париже и встретиться с главой русского Западноевропейского экзархата митрополитом Евлогием (Георгиевским) и его сотрудниками. В Париже митрополит Елевферий пробыл в течение месяца (с 3 по 27 февраля), ожидая отбывшего в Константинополь Владыку Евлогия. Вернувшийся 24 февраля митрополит Евлогий сообщил о своем переходе в юрисдикцию Константинопольского Патриархата. За митрополитом Евлогием последовала значительная часть русской церковной эмиграции, а также Парижский Свято-Сергиевский богословский институт. Оставшийся в подчинении Московской Патриархии инспектор Свято-Сергиевского института епископ Вениамин был уволен митрополитом Евлогием.
Указом Московской Патриархии временным управляющим Западноевропейской епархией был назначен митрополит Елевферий, который встречался в Париже и с епископом Вениамином. В письмо от 7 марта 1931 г. Владыки Вениамина Заместителю Патриаршего Местоблюстителя говорилось: «Я, согласно указу Московской Патриархии, остался в каноническом подчинении ей и временно управляющему оставшейся верною Русской Православной Церкви паствою митрополиту Елевферию. А, кроме того, я обязан доложить Вашему Высокопреосвященству, что по моему искреннему и давно уже образовавшемуся мнению… оказываюсь нередко не вполне согласным с массою эмиграции. Если же что и удерживало еще меня здесь, так это Богословский институт… При таком стечении обстоятельств я не смог счесть случайным совпадением получение именно в это время, даже в самый последний день пребывания митрополита Елевферия в Париже (13/26 II), обстоятельного письма от архиепископа Японского Сергия, которое я и прочел вслух митрополиту.
В письме же своем архиепископ Сергий предлагает мне стать «начальником православной миссии в Корее» (и вообще быть помощником ему, со временем, даже и возможным заместителем его); при этом он прислал мне подлинный указ Московской Патриархии с определением от 18 декабря 1929 г. № 220, о том, что ему предоставляется право «делать распоряжения, касающиеся православной миссии в Корее, с донесением о важнейших из них Патриархии». По силе этого права архиепископ Сергий готов бы и сам «назначить» меня «начальником миссии»; но и он полагает, что в связи с другими вопросами об организации миссии в Корее, и вследствие моей зависимости от Московской Патриархии, надлежит снестись ему с Вашим Высокопреосвященством – в случае моего согласия на его предложение.