Став заместителем секретаря, Рузвельт переехал в Вашингтон. Умея учиться, он овладевал основами морского искусства, хотя бы в теории, и вскоре значительно превзошел в этом своего шефа. Он добивался увеличения американского ВМФ, полагая, что он должен выйти на один уровень с британским. Он контролировал завершение строительства Панамского канала, несколько раз выезжал в зону канала для решения практических вопросов. Он поддерживал связь с судостроительными фирмами, подписывая и разрывая контракты, беря на себя ответственность за расходование миллионных средств. Неоднократно по разным причинам Рузвельт исполнял обязанности секретаря, который особенно не утруждал себя государственными заботами.
После начала мировой войны Рузвельт выступал за то, чтобы США интенсивно готовились к вступлению в нее, а затем включились в военные действия против Германии. Это способствовало росту его популярности в интервенционистских кругах. Во влиятельной газете «Уолл-стрит джорнел» появилось даже требование, чтобы Дэниэлс был заменен его «динамичным заместителем». В 1917 г., когда США действительно вступили в войну, Рузвельт выдвинул два плана — строительства небольших кораблей, которые способны были бы вести борьбу с германскими подводными лодками, и создания минного пояса в Северном море. Оба плана были приняты и реализованы.
Летом 1918 г. Рузвельт побывал в Европе с инспекцией американских ВМС. Он посещал корабли, общался с экипажами, представителями бизнеса, обеспечивавшими флот снаряжением и продовольствием. Устанавливались новые связи. Важной была встреча с британским министром вооружений Уинстоном Черчиллем. Франклину удалось попасть на фронт, и он принял участие в наступлении франко-американских войск в районе Шато-Тьерри. Под Верденом, попав под шквальный огонь противника, он проявил хладнокровие. После подписания Компьенского перемирия Рузвельт вновь отправился в Европу — на этот раз в качестве консультанта американской делегации на Парижской мирной конференции. Когда Франклин возвращался из этой европейской командировки, разразился семейный скандал. На судне он заразился гриппом, осложнившимся воспалением легких. В полубессознательном состоянии его выгрузили с корабля, а затем отправили в Гайд-Парк. Разбирая его чемодан, Элеонора натолкнулась на связку писем от своей подруги Люси Мерсер, которая, как оказалось, была уже давней любовницей Франклина. Семейный скандал не вышел наружу, но обсуждался в кругу родных. Встал вопрос о разводе, но его мать проявила завидную твердость, заявив, что, если Франклин оставит Элеонору, он будет лишен наследства. Результатом было устное соглашение: брак сохранялся при условии, что Франклин не будет встречаться с Люси и оба супруга будут вести собственную жизнь, не вмешиваясь в дела друг друга.
Рузвельт возвратился к политическим делам. Он участвовал в съезде Демократической партии в конце июня — начале июля 1920 г., на котором кандидат в президенты губернатор штата Огайо Джеймс Кокс предложил ему баллотироваться на пост вице-президента. Франклин дал согласие, рассматривая предстоявшую борьбу как новую ступень в карьере. В августе он ушел с поста заместителя секретаря и полностью включился в предвыборную гонку. Несколько раз его принимали за сына Теодора Рузвельта и, не особенно разбираясь в партийных различиях, провозглашали лозунг «Проголосуем за сына!»
На выборах демократы проиграли. Им не могли простить, что они, втянув США в мировую войну, уступили первенство европейским союзникам. Франклин, однако, не считал себя неудачником. Накапливался опыт, вырабатывалось умение общаться, представлять дело так, что его крайне интересует выращивание рогатого скота в Вайоминге или возделывание пшеницы в Канзасе. После выборов он занялся бизнесом, став вице-президентом трастовой компании «Фиделити» (
Но летом 1921 г. произошло страшное событие, которое решительным образом повлияло на всю дальнейшую жизнь. 39-летний Рузвельт заразился полиомиелитом — детским инфекционным параличом. 11 августа он не смог встать утром с постели, так как ноги его не слушались, температура повысилась до 40°, затем по всему телу разлилась страшная боль. Врачами был поставлен неутешительный диагноз. Интенсивное лечение позволило ликвидировать поражения, непосредственно угрожавшие жизни, но врачи разъяснили, что паралич ног сохранится до конца жизни. В начале 1922 г. Рузвельта «одели» в стальные шины, поддерживавшие нижнюю часть тела, и он стал учиться передвигаться на костылях или при помощи слуг хотя бы на несколько метров. Приходилось опираться на собственную волю и традиционные методы лечения, которые могли только облегчить состояние больного. Болезнь круто изменила образ мыслей Рузвельта: созревал другой человек — способный переносить тягчайшие трудности, познавший невзгоды и начинавший не только сочувствовать другим, но и стремиться оказывать им помощь.
