В Конгрессе Трумэна преследовали слухи о его предыдущей связи с полумафиозным демократическим боссом из Миссури. Трумэн открещивался от них и пытался своей верностью «новому курсу», критикой «корпоративной жадности» развеять опасения по поводу его политических пристрастий. Его избрали в комитеты по бюджету и по торговле между штатами, в которых он стремился проводить рузвельтовский курс. Вместе с тем он всячески подчеркивал свою скромность, неоднократно заявляя: «Я лишь фермерский парень».
Надо сказать, что сам Пендергаст не злоупотреблял своим прошлым покровительством Трумэну, видимо, получив сдержанный ответ на первые просьбы. Он изредка обращался с ходатайствами, на которые Гарри обычно откликался. Когда в 1939 г. власти, наконец, добрались до миссурийского босса и он был арестован по обвинению во взяточничестве, общественность с интересом ожидала, как отнесется к этому Трумэн, полагая что он обрушится на Пендергаста. Но, ко всеобщему удивлению, Трумэн повел себя иначе. Он заявил, что Пендергасту не следует рассчитывать на справедливое рассмотрение его дела, что справедливость в отношении его так же вероятна, как та, на которую «может надеяться еврей в суде гитлеровской Германии или троцкист в суде Сталина». А вслед за этим Трумэн заявил: «Он был моим другом, когда был мне необходим. Я не отношусь к тем, кто покидает тонущий корабль». Это было довольно смелое, не вписывавшееся в рамки политкорректности заявление. Такого рода поведение в высших кругах не очень любили.
По истечении шестилетнего срока пребывания в сенате Трумэн выдвинул свою кандидатуру вновь. На этот раз выборы проходили уже в условиях начавшейся Второй мировой войны. Во всех предвыборных выступлениях он касался вопросов войны. Он считал необходимой подготовку на случай вовлечения в войну, если это произойдет против воли американского народа, но возражал против прямого вступления в конфликт с Германией. К кампании были привлечены влиятельные фигуры из армии, церкви, профсоюзов. Трумэн показал, что стал неплохим публичным политиком, мастером политической рекламы. На выборах 5 ноября 1940 г. он получил 51,2 % голосов и вновь стал сенатором.
Возобновив работу в Вашингтоне в начале 1941 г., Гарри Трумэн решил сосредоточить внимание на расследовании фактов коррупции во взаимоотношениях между государством и частными предприятиями, защищая интересы не только правительства, но также мелкого и среднего бизнеса. 3 февраля 1941 г. Трумэна по его просьбе принял президент. Речь шла о том, что интересы государства порой приходят в противоречие с жизненными потребностями рядовых американцев. Трудно сказать, повлияли ли на президента слова сенатора. Сам Трумэн на следующий день писал своему знакомому, что сомневается, добился ли чего-то от Рузвельта, кроме «сердечного приема». Все же одного Трумэн добился — Рузвельт узнал его как активного и теперь уже компетентного сенатора, стремившегося сочетать общенациональные цели с интересами широких слоев населения.
Вслед за этим Трумэн внес предложение о создании сенатского комитета по расследованию. Что именно будет расследовать этот орган, в названии не указывалось, но из проекта вытекало, что он будет заниматься всеми программами, связанными с обороной. 1 марта 1941 г. был образован Специальный комитет по расследованию контрактов, заключенных в рамках национальной программы обороны, его председателем стал Трумэн, а сам комитет стали называть «комитетом Трумэна». Первым делом, которым он занялся, стало расследование злоупотреблений при строительстве жилых и служебных помещений в военных лагерях. Следователи комитета установили факты бесхозяйственности, неразберихи, заключения контрактов на случайной основе и др. По требованию Трумэна все военно-строительные работы были переданы Армейскому инженерному корпусу.
Затем последовали новые расследования. После вступления США в войну комитет расширил свои полномочия, став важнейшим парламентским учреждением по контролю за экономическим обеспечением обороноспособности США. В учреждения и фирмы, подозреваемые в нелояльности или просто в неэффективности, направлялись следователи комитета. Полученный материал передавался одному из сенаторов, а тот принимал дальнейшие меры. Важное расследование 1942 г. посвящено было выяснению причин дефицита резиновых изделий, особо важных в условиях войны. На основании выявленных фактов были приняты меры по срочному увеличению производства резины, в том числе синтетической. В 1943 г. внимание общественности привлекло расследование деятельности корпорации «Юнайтед Стейтс стил», которая была уличена в поставках военно-морскому флоту низкокачественных стальных плит.
