В 1516 году французская фракция в Гларусе одержала верх, и Цвингли перешел в пасторство в Айнзидельне в кантоне Швиц. Его проповеди там приобрели протестантский оттенок еще до восстания Лютера. В 1517 году он призвал к религии, основанной исключительно на Библии, и заявил своему архиепископу, кардиналу Маттеусу Шиннеру, что в Писании мало оснований для папства. В августе 1518 года он выступил против злоупотреблений при продаже индульгенций и убедил монахов-бенедиктинцев убрать с их прибыльной святыни Богородицы надпись, обещающую паломникам «полное отпущение всех грехов, как вины, так и наказания».7 Некоторые паломники из Цюриха привезли своим пасторам восторженный отчет о его проповеди. 10 декабря 1518 года он принял приглашение стать викарием или «народным священником» в Гроссмюнстере, или Большом монастыре, Цюриха, самого предприимчивого города Швейцарии.
Теперь он приближался к зрелости в морали и разуме. Он предпринял серию проповедей с изложением на основе греческого текста всего Нового Завета, за исключением Апокалипсиса, который ему не нравился; в нем было мало от мистицизма, который участвовал в формировании Лютера. У нас нет его прижизненного портрета, но современники описывали его как красивого, румяного, полнокровного мужчину с мелодичным голосом, который покорял прихожан. Он не соперничал с Лютером в красноречии или экзегетике, но его проповеди были настолько убедительны в искренности и ясности, что вскоре весь Цюрих откликнулся на его влияние. Церковное начальство поддержало его, когда он возобновил кампанию против продажи индульгенций. Бернардин Самсон, францисканский монах из Милана, в августе 1518 года перешел через Сен-Готардский перевал, чтобы стать Теце] Швейцарии. Он предложил индульгенцию папы Льва богатым на пергаменте за крону, бедным на бумаге за несколько грошей; и взмахом руки освободил от мук чистилища все души, умершие в Берне. Цвингли запротестовал, епископ Констанц поддержал его, и Лев X, узнав кое-что из событий в Германии, отозвал своего щедрого апостола.
В 1519 году чума поразила Цюрих и за полгода унесла треть населения. Цвингли оставался на своем посту, днем и ночью ухаживал за больными, сам заразился и был близок к смерти. Когда он выздоровел, он стал самой популярной фигурой в Цюрихе. Далекие сановники, такие как Пиркгеймер и Дюрер, посылали ему приветствия. В 1521 году он стал главным священником Гроссмюнстера. Теперь он был достаточно силен, чтобы открыто провозгласить Реформацию в Швейцарии.
Почти бессознательно, но как естественный результат своего необычного образования, он изменил характер пасторства в своей церкви. До него проповедь мало что значила; месса и причастие составляли почти всю службу; Цвингли сделал проповедь доминирующей над ритуалом. Он стал не только проповедником, но и учителем; по мере того как росла его уверенность в себе, он с еще большей силой вбивал себе в голову, что христианство должно быть возвращено к своей ранней простоте организации и богослужения. Его глубоко взволновали восстание и труды Лютера, а также трактат Гуса «О церкви». К 1520 году он публично выступал против монашества, чистилища и обращения к святым; кроме того, он утверждал, что уплата десятины в пользу церкви должна быть исключительно добровольной, как в Писании. Епископ умолял его отказаться от этих заявлений, но он упорствовал, и кантональный совет поддержал его, приказав всем священникам, находящимся под его юрисдикцией, проповедовать только то, что они находят в Библии. В 1521 году Цвингли убедил совет запретить вербовку швейцарских солдат французами; через год запрет был распространен на все иностранные державы; а когда кардинал Шиннер продолжил вербовать швейцарские войска для папы, Цвингли указал своим прихожанам, что кардинал недаром носит красную шапку, потому что «если бы ее смяли, вы бы увидели, как с ее складок капает кровь ваших ближайших родственников».8 Не найдя в Завете текста, предписывающего воздерживаться от мяса в Великий пост, он разрешил своим прихожанам игнорировать церковные правила постных постов. Епископ Констанц протестовал; Цвингли ответил ему в книге «Архетипы (начало и конец)», в которой предсказывал всеобщее восстание против Церкви и советовал прелатам подражать Цезарю, сложить свои одежды и умереть с изяществом и достоинством. Вместе с десятью другими священниками он обратился к епископу с просьбой положить конец клерикальной безнравственности, разрешив священнический брак (1522). В это время он держал Анну Рейнхард в качестве своей любовницы или тайной жены. В 1524 году он публично женился на ней, за год до свадьбы Лютера с Екатериной фон Бора.
