Цвингли более подробно сформулировал свою доктрину в двух латинских трактатах: De vera et falsa religione (1525) и Ratio fidei (1530). Он принял основное богословие Церкви — триединого Бога, грехопадение Адама и Евы, Воплощение, рождение от Девы Марии и Искупление; но «первородный грех» он трактовал не как пятно вины, унаследованное от наших «первых родителей», а как несоциальную склонность, заложенную в природе человека.10 Он был согласен с Лютером в том, что человек никогда не сможет заслужить спасение добрыми делами, но должен верить в искупительную силу жертвенной смерти Христа. Он был согласен с Лютером и Кальвином в вопросе предопределения: каждое событие, а значит, и вечная судьба каждого человека, были предвидены Богом и должны произойти так, как они были предвидены. Но Бог предназначил к проклятию только тех, кто отвергает предложенное им Евангелие. Все дети (христианских родителей), умершие в младенчестве, спасены, даже если они некрещеные, так как были слишком малы, чтобы грешить. Ад реален, а чистилище — «плод воображения…. прибыльного бизнеса для его авторов»; Писание ничего о нем не знает.11 Таинства — это не чудодейственные средства, а полезные символы божественной благодати. В ушной исповеди нет необходимости; ни один священник, а только Бог может простить грех; но часто бывает полезно рассказать священнику о своих духовных проблемах.12 Вечеря Господня — это не реальное вкушение Тела Христова, а символ единения души с Богом и человека с христианской общиной.
Цвингли сохранил Евхаристию как часть реформатского богослужения и совершал ее в хлебе и вине, но проводил ее только четыре раза в год. В этих редких случаях сохранялась большая часть Мессы, но прихожане и священник читали ее на швейцарском немецком языке. В остальное время месса была заменена проповедью; обращение ритуала к чувствам и воображению было подчинено обращению дискурса к разуму — опрометчивая игра с народным интеллектом и устойчивостью идей. Поскольку непогрешимая Библия теперь должна была заменить непогрешимую Церковь в качестве руководства для доктрины и поведения, немецкий перевод Нового Завета Лютера был адаптирован к швейцарскому немецкому диалекту, а группе ученых и богословов во главе со святым Лео Юдом было поручено подготовить немецкую версию всей Библии. Она была опубликована Кристианом Фрошауэром в Цюрихе в 1534 году, за четыре года до появления лучшей версии Лютера.
Повинуясь Второй заповеди и знаменуя возвращение протестантского христианства к своим ранним иудейским традициям, Совет Цюриха приказал убрать из церквей города все религиозные изображения, реликвии и украшения; даже органы были изгнаны, а огромный интерьер Гроссмюнстера остался удручающе голым, каким он является и сегодня. Некоторые из изображений были достаточно абсурдными, некоторые настолько легко поддавались суеверию, что заслуживали уничтожения; но некоторые были достаточно красивы, чтобы преемник Цвингли, Генрих Буллингер, оплакивал их утрату. Сам Цвингли терпимо относился к изображениям, которым не поклонялся как чудотворным идолам,13 но он одобрял разрушение как обличение идолопоклонства.14 Сельским церквям в кантоне разрешалось сохранять свои изображения, если этого желало большинство прихожан. Католики сохраняли некоторые гражданские права, но не имели права занимать государственные должности. Посещение мессы наказывалось штрафом; употребление рыбы вместо мяса в пятницу было запрещено законом.15 Монастыри и женские монастыри (за одним исключением) были закрыты или превращены в больницы или школы; монахи и монахини выходили из монастыря в брак. Дни святых были отменены, исчезли паломничества, святая вода и мессы за умерших. Хотя не все эти изменения были завершены к 1524 году, к тому времени Реформация была гораздо более развита в Цвингли и Цюрихе, чем в Лютере и Виттенберге; Лютер тогда все еще оставался безбрачным монахом и все еще совершал мессу.
В ноябре 1524 года в Цюрихе был создан Тайный совет (Heimliche Rath) из шести членов для подготовки решений по срочным или деликатным проблемам управления. Между Цвингли и этим Советом сложился рабочий компромисс: он передал ему регулирование церковных и светских дел, и в обеих областях он следовал его примеру. Церковь и государство в Цюрихе стали единой организацией, неофициальным главой которой был Цвингли, и в которой Библия была принята (как Коран в исламе) в качестве первоисточника и окончательного теста закона. В Цвингли, как позже в Кальвине, воплотился ветхозаветный идеал пророка, руководящего государством.
Так быстро и полностью добившись успеха в Цюрихе, Цвингли обратил свой взор на католические кантоны и задумался, не удастся ли завоевать всю Швейцарию для новой формы старой веры.
