В первые годы своего отзыва Кальвин вел себя сдержанно и скромно, благодаря чему его поддержали все, кроме небольшого меньшинства. Под его началом были назначены восемь помощников пастора для обслуживания церкви Святого Петра и других церквей города. Он трудился по двенадцать-восемнадцать часов в день, будучи проповедником, администратором, профессором теологии, управляющим церквей и школ, советником муниципальных советов, регулятором общественной морали и церковной литургии; тем временем он продолжал расширять «Институты», писал комментарии к Библии и вел переписку, уступающую по объему только переписке Эразма и превосходящую ее по влиянию. Он мало спал, мало ел, часто постился. Его преемник и биограф, Теодор де Без, удивлялся, что один маленький человек (unicus homunculus) мог нести столь тяжелую и разнообразную ношу.
Его первой задачей стала реорганизация Реформатской церкви. По его просьбе Малый собор вскоре после его возвращения назначил комиссию из пяти священнослужителей и шести советников во главе с Кальвином для разработки нового церковного кодекса. 2 января 1542 года Большой собор ратифицировал принятые в результате «Церковные постановления», основные положения которых до сих пор принимаются реформатскими и пресвитерианскими церквями Европы и Америки. Служение делилось на пасторов, учителей, пресвитеров и дьяконов. Женевские пасторы составляли «Почтенную компанию», которая управляла церковью и обучала кандидатов на служение. Отныне никто не мог проповедовать в Женеве без разрешения Компании; требовалось также согласие городского совета и общины, но епископские рукоположения и епископы были под запретом. Новое духовенство, никогда не претендовавшее на чудодейственную силу католических священников и не имевшее права занимать гражданские должности, стало при Кальвине более могущественным, чем любое священство со времен древнего Израиля. Настоящим законом христианского государства, говорил Кальвин, должна быть Библия; духовенство — правильные толкователи этого закона; гражданские правительства подчиняются этому закону и должны исполнять его в том виде, в каком он истолкован. Возможно, у практиков на соборах и были какие-то сомнения по этим пунктам, но, судя по всему, они считали, что социальный порядок настолько выгоден для экономики, что некоторые церковные предположения могут до поры до времени оставаться неоспоренными. На протяжении удивительной четверти века теократия священнослужителей, казалось, доминировала над олигархией купцов и деловых людей.
Власть духовенства над жизнью женевцев осуществлялась через консисторию или пресвитерию, состоявшую из пяти пасторов и двенадцати пресвитеров, избранных Советом. Поскольку пасторы занимали должность на протяжении всего своего служения, а пресвитеры — лишь на год, консистория в вопросах, не касающихся жизненно важных дел, управлялась своими церковными членами. Она имела право определять религиозный культ и нравственное поведение каждого жителя; ежегодно посылала священника и пресвитера посетить каждый дом и каждую семью; могла вызвать любого человека к себе для разбирательства; могла публично порицать или отлучать нарушителей, а также полагаться на Совет, чтобы изгнать из города тех, кого консистория запретила в Церкви. Кальвин обладал властью как глава консистории; с 1541 года до своей смерти в 1564 году его голос был самым влиятельным в Женеве. Его диктатура была диктатурой не закона или силы, а воли и характера. Интенсивность его веры в свою миссию и полнота преданности своим задачам придавали ему силу, которой никто не мог успешно противостоять. Возрожденный Гильдебранд мог бы радоваться этому очевидному триумфу Церкви над государством.
