Фарелю было уже сорок семь лет, и хотя ему суждено было пережить Кальвина на год, он видел в суровом и красноречивом юноше, на двадцать лет младше его, именно того человека, который нужен для консолидации и продвижения Реформации. Кальвин не хотел соглашаться; он планировал всю жизнь заниматься наукой и писательством; он был более спокоен с Богом, чем с людьми. Но Фарель, с видом громогласного библейского пророка, угрожал наложить на него святое проклятие, если он предпочтет свои частные занятия тяжелой и опасной проповеди неразбавленного Слова. Кальвин уступил; Совет и пресвитерий одобрили его, и, не имея другого рукоположения, он начал свое служение (5 сентября 1536 года), произнеся в церкви Святого Петра первую из нескольких речей по Посланиям Святого Павла. Повсюду в протестантизме, за исключением социально радикальных сект, влияние Павла затмевало влияние Петра, предполагаемого основателя Римского престола.
В октябре Кальвин сопровождал Фареля и Вире в Лозанну и принял незначительное участие в знаменитом диспуте, благодаря которому этот город перешел в стан протестантов. Вернувшись в Женеву, старший и младший пасторы собора Святого Петра принялись за новое посвящение женевцев Богу. Искренне принимая Библию как буквальное Слово Божье, они чувствовали неизбежную обязанность следить за соблюдением ее морального кодекса. Они были потрясены, обнаружив, что многие из людей предаются пению, танцам и подобным развлечениям; более того, некоторые играли в азартные игры, пили до опьянения или прелюбодействовали. Целый район города был занят проститутками под властью их собственной Reine du bordel, королевы публичных домов. Для пламенного Фареля и совестливого Кальвина благодушное принятие этой ситуации было изменой Богу.
Чтобы восстановить религиозную основу действенной морали, Фарель издал «Исповедание веры и дисциплины», а Кальвин — популярный «Катехизис», который Большой собор одобрил (ноябрь 1536 года). Граждане, упорно нарушающие моральный кодекс, подлежали отлучению от церкви и изгнанию. В июле 1537 года Совет приказал всем гражданам прийти в церковь Святого Петра и поклясться в верности «Исповеданию» Фареля. Любое проявление католицизма — например, ношение четок, почитание святых реликвий или празднование дня святого — подлежало наказанию. Женщин сажали в тюрьму за ношение неподобающих головных уборов. Бонниварда, слишком радовавшегося своей свободе, предупредили, чтобы он покончил с развратом. Азартных игроков сажали в колодки. Прелюбодеев гнали по улицам в изгнание.
Привыкшие к церковному правлению, но к мягкой моральной дисциплине католицизма, смягченного южным климатом, женевцы сопротивлялись новой диспенсации. Патриоты, освободившие город от епископа и герцога, реорганизовались, чтобы освободить его от своих ревностных служителей. Другая партия, требовавшая свободы совести и вероисповедания и потому называвшаяся либертинами или либералами, была вынуждена отказаться от этого,* объединилась с патриотами и тайными католиками; и эта коалиция на выборах 3 февраля 1538 года получила большинство в Большом совете. Новый Совет велел священнослужителям не вмешиваться в политику. Фарель и Кальвин осудили Собор и отказались служить Вечерю Господню, пока мятежный город не подчинится клятвенной дисциплине. Совет низложил обоих священнослужителей (23 апреля) и приказал им покинуть город в течение трех дней. Народ отпраздновал это увольнение всеобщим ликованием.27 Фарель принял вызов в Невшатель; там он проповедовал до конца своих дней (1565), и его память чтит общественный памятник.
Кальвин отправился в Страсбург, тогда еще свободный город, подчинявшийся только императору, и служил в L’Église des Étrangers, конгрегации протестантов, в основном из Франции. Чтобы прокормиться на пятьдесят два гульдена (1300 долларов?), ежегодно выплачиваемых ему церковью, он продал свою библиотеку и взял в пансион студентов. Считая холостяцкую жизнь неудобной в такой ситуации, он попросил Фареля и Буцера подыскать ему жену и перечислил характеристики: «Я не из тех безумных влюбленных, которые, будучи однажды поражены прекрасной фигурой женщины, принимают и ее недостатки. Меня привлекает только эта красота — чтобы она была целомудренной, услужливой, не привередливой, экономной, терпеливой и заботилась о моем здоровье».28 После двух неудачных попыток он женился (1540) на Иделетт де Бюре, бедной вдове с несколькими детьми. Она родила ему одного ребенка, который умер в младенчестве. Когда она скончалась (1549), он писал о ней с той частной нежностью, которая лежала в основе его публичной суровости. Оставшиеся пятнадцать лет своей жизни он прожил в домашнем одиночестве.