Когда князем стал Сигизмунд II, лютеранство и кальвинизм стремительно развивались. Библия была переведена на польский язык, а в религиозных службах латынь стала заменяться вернакуляром. Известные священники, такие как Ян Ласки, объявили о своем переходе в протестантизм. В 1548 году в Польшу переселились изгнанные из своей страны богемские братья, и вскоре в стране насчитывалось тридцать конвент их секты. Попытка католического духовенства обвинить некоторых членов шляхты в ереси и конфисковать их имущество привела к тому, что многие мелкие шляхтичи восстали против Церкви (1552). Национальный сейм 1555 года провозгласил свободу вероисповедания для всех конфессий на основе «чистого Слова Божьего» и узаконил церковные браки и причастие в хлебе и вине. Реформация в Польше достигла своего апогея.
Ситуация осложнялась развитием в Польше самого сильного унитарианского движения в Европе XVI века. Уже в 1546 году на этом Дальнем Востоке латинского христианства обсуждались антитринитарные идеи Сервета. Лаэлий Социнус посетил Польшу в 1551 году и оставил после себя брожение радикальных идей; Джорджио Бландрата продолжил кампанию, и в 1561 году новая группа выпустила свое исповедание веры. Продолжая путаницу в богословии Сервета, они ограничивали полную божественность Бога-Отца, но исповедовали веру в сверхъестественное рождение Христа, Его божественное вдохновение, чудеса, воскресение и вознесение. Они отвергали идеи первородного греха и искупления Христа, признавали крещение и причастие только как символы и учили, что спасение зависит прежде всего от добросовестного следования учению Христа. Когда кальвинистский синод в Кракове (1563) осудил эти доктрины, унитарии образовали свою собственную отдельную церковь. Полного расцвета секта достигла только благодаря племяннику Лаэлиуса Фаустусу Социнусу, который прибыл в Польшу в 1579 году.
Католическая церковь боролась с этими событиями с помощью преследований, литературы и дипломатии. В 1539 году епископ Кракова отправил на костер восьмидесятилетнюю женщину, обвинив ее в том, что она отказывается поклоняться освященному воинству.9 Станислав Хозиус, епископ Кульма в Пруссии, впоследствии кардинал, вел контрнаступление с умением и рвением. Он трудился над церковной реформой, но не симпатизировал протестантскому богословию и ритуалу. По его предложению Лодовико Липпомано, епископ Вероны, был отправлен в Польшу в качестве папского легата, а Джованни Коммендоне, епископ Занте, стал папским нунцием в Кракове. Они склонили Сигизмунда II к активной поддержке Церкви, подчеркивая раскол среди протестантов и превознося трудности организации нравственной жизни нации на основе столь враждебных и колеблющихся вероучений. В 1564 году Хозиус и Коммендоне ввели в Польшу иезуитов. Эти обученные и преданные своему делу люди заняли стратегически важные места в системе образования, завладели вниманием видных деятелей и обратили польский народ к традиционной вере.
Богемцы были протестантами еще до Лютера, и в его идеях их мало что пугало. Большой немецкий элемент на границе с готовностью принял Реформацию; Богемские братья, составлявшие около 10 процентов от 400 000 населения, были более протестантами, чем Лютер; 60 процентов были ультракатоликами, которые принимали Евхаристию как в вине, так и в хлебе, и игнорировали протесты пап.10 К 1560 году Богемия на две трети состояла из протестантов, но в 1561 году Фердинанд ввел в страну иезуитов, и все снова склонилось к ортодоксальному католическому вероучению.
