Сын небогатого псковского помещика, Афанасий Лаврентьевич благодаря заботам отца получил возможность ознакомиться с латинским языком, немецким и математикой. Уже эти крайне редкие в те времена знания должны были выдвинуть молодого Нащокина: в людях, знающих иностранные языки, особенно нуждались при сношениях с иноземцами, и потому Нащокину пришлось быть при посольском деле. Скоро он выказал по этой части большие способности; о нем даже заговорили в Москве, что он-де знает «немецкое дело и немецкие нравы». Царь стал ему поручать важные дипломатические дела, – самым крупным было заключение Андрусовского перемирия: здесь выказались во всем блеске его дарования, которые признавали за ним даже его враги. Царь очень высоко ценил заслуги Нащокина и нередко оказывал ему особенное внимание. Раз большое несчастье случилось в семье Нащокина: единственный его сын бежал за границу. Отец дал ему по тому времени прекрасное образование, но юноша от своих учителей, пленных поляков, наслушался занимательных рассказов о Европе, соблазнился «иноземной прелестью» и, несмотря на то что пользовался милостью государя и шел хорошо по службе, бежал… Весть о бегстве сына да еще с разными указами о делах поразила Нащокина-отца как громом, и горе, и страх овладели им, – он уже думал, что навеки лишится милости государя. Пристрастие к иноземному считалось тогда большим грехом; но опасения Нащокина были напрасны… Царь пишет ему письмо, старается прежде всего успокоить, утешить и его, и жену его, отзывается о беглеце добродушно.
«Он человек еще молодой, – говорится в письме государя, – хочет создания Владыки и творения рук Его видеть на этом свете, как птица, которая летает туда и сюда и, полетав довольно, опять к своему гнезду возвращается…»
Так и случилось, – молодой Нащокин вернулся, раскаялся в своем увлечении и был прощен.
После заключения Андрусовского перемирия Ордин-Нащокин был пожалован высоким саном ближнего боярина и дворецкого, а затем получил в управление Посольский приказ (1667) с титулом