Но это не означало, что император устранился отдел и передал всю власть «всесильному временщику». Аракчеев прежде всего был его доверенным лицом, строгим и неподкупным исполнителем его предписаний, регулярно предоставлял отчёты о своих действиях и даже предъявлял полученные им письма, а в ответ получал точные инструкции, иногда даже черновики ответов на деловые бумаги и прошения, которые просто переписывал от своего имени. Сам император определил роль Аракчеева в разговоре с адъютантом: «Ты не понимаешь, что такое для меня Аракчеев. Всё, что делается дурного, он берёт на себя; всё хорошее приписывает мне».
Создание Министерства духовных дел и народного просвещения привело к изгнанию из Казанского и Петербургского университетов передовых профессоров и введению суровой дисциплины для предохранения студентов от «всеразрушающего духа вольнодумства». Не забывал царь и про полицию. При петербургском военном губернаторе была учреждена Тайная полицейская экспедиция для выявления «предметов и деяний, клонящихся к разрушению самодержавной власти». В 1805 году родился секретный Комитет для совещания по делам, относящимся к высшей полиции, через два года его сменил Комитет охранения общественной безопасности, опять-таки нацеленный на борьбу против французских происков и тайных обществ — иллюминатов и мартинистов. В 1811—1819 годах действовало уже целое Министерство полиции, опиравшееся на особые органы, существовавшие при обер-полицмейстерах обеих столиц. Помимо перечисленных инстанций, отдельный орган политического сыска имелся на юге страны — им руководил начальник южных военных поселений граф И. О. Витт. Начальство требовало от полицейских: «...одеваясь по приличию и надобностям, находиться во всех стечениях народных между крестьян и господских слуг; в питейных и кофейных домах, трактирах, клубах, на рынках, на горах, на гуляньях, на карточных играх, где и сами играть могут, также между читающими газеты — словом, везде, где примечания делать, поступки видеть, слушать, выведывать и в образ мыслей проникать возможно».
Однако разномастные структуры и непрофессиональные агенты проморгали складывание тайных обществ; империя получила небывалого прежде «врага внутреннего». Декабрист Г. С. Батеньков не без основания иронизировал: «Разнородные полиции были крайне деятельны, но агенты их вовсе не понимали, что надо разуметь под словами “карбонарии” и “либералы”, и не могли понимать разговора людей образованных. Они занимались преимущественно только сплетнями, собирали и тащили всякую дрянь, разорванные и замаранные бумажки; их доносы обрабатывали, как приходило в голову».
Восстание в Семёновском полку и рост революционных настроений среди офицерства после Заграничных походов русской армии побудили Александра I в начале 1820-х годов учредить тайную военную полицию при штабе Гвардейского корпуса. Её возглавил М. К. Грибовский — агент, внедрившийся в Коренную управу Союза благоденствия и сообщивший императору ценные сведения о составе и планах декабристского тайного общества. Грибовскому покровительствовал (и в частности, передал его записку с показаниями императору) начальник штаба Гвардейского корпуса генерал-адъютант А. X. Бенкендорф, которому вскоре было суждено занять особое место в развитии системы политического сыска.
В мае 1821 года по возвращении Александра I из-за границы генерал И. В. Васильчиков подал ему список наиболее активных членов тайного общества. Рассказывают, что царь якобы бросил список в пылающий камин, не желая знать «имён этих несчастных», ибо и сам «в молодости разделял их взгляды», и добавил: «Не мне подобает карать». При разборе бумаг после смерти царя была обнаружена записка 1824 года, где он говорил о росте «пагубного духа вольномыслия» в войсках, о существовании «по разным местам тайных обществ или клубов», с которыми связаны влиятельные генералы А. П. Ермолов, Н. Н. Раевский, П. Д. Киселёв, М. Ф. Орлов. Эти и другие сведения, поступавшие по разным каналам, послужили причиной кадровых перемещений в гвардии и армии, которые на время выбили почву из-под ног фрондирующего офицерства.
Уже в 1817 году Александр писал сестре Екатерине: «Вы спрашиваете, дорогой друг, что я поделываю. Всё то же, т. е. привыкаю всё более и более покоряться велениям судьбы и даже нахожу уже известное удовлетворение в том полном одиночестве, в каком я нахожусь». Заботы удручали, а отрешиться от них было негде. Семейная жизнь победителя Наполеона не удалась. Елизавета Алексеевна родила ему дочь Марию (1799), но девочка умерла совсем маленькой. Царь охладел к супруге. В течение пятнадцати лет его избранницей оставалась очаровательная Мария Нарышкина (в девичестве княжна Четвертинская), красота которой была, по словам одного из современников, «до того совершенна, что казалась невозможною, неестественною». Но отношения законных супругов оставались дружескими — Александр часто приходил к жене пить чай. Подруга императрицы графиня Прасковья Фредро рассказывала:
