Но и после такой радикальной «прополки» сорняки разных осужденных Церковью «выборов», «направлений» — ересей не переводились. Еще в начале V в. их каталог насчитывал цифру, в которую верилось с трудом — 158! Голова пухла от сотен названий, за каждым из которых скрывались свои пути. Кроме того, несмотря на то, что обращение в христианство предписывалось законодательством, даже к концу VI в. еще оставались многочисленные язычники, которые порой жили бок о бок с христианами или, по крайней мере, с теми, кто таковыми себя считал. С 542 до 571 гг. в Малой Азии активно действовал с миссионерскими целями посланный туда Юстинианом искоренять язычников епископ Ассийский Иоанн Эфесский, который в короткий срок крестил около семидесяти тысяч человек. Каждый из обращенных получал от императора крещальные одежды и по тримисию. Страстный, ожесточенный, резкий Иоанн, действуя как инквизитор, приказывал разрушать языческие храмы и строить на их месте христианские. По его словам, он основал девяносто девять церквей и двенадцать монастырей, щедро получая из столицы средства, церковную утварь, одежды и прочее.
В Константинополе тоже был возбужден ряд громких, показательных процессов против язычников. Хватали даже «людей известных и знатных, с прочими грамматиками, софистами, схоластиками и врачами». Для того, чтобы быть обвиненным, видимо, было достаточно иметь склонность к языческому образованию и наукам, а пытки довершали остальное в судопроизводстве. Префект претория Фока, к слову, известный своей честностью, чтобы не быть схваченным, предпочел умереть от яда, который принял ночью. Но Юстиниан не оставил его и после смерти, приказав устроить ему «похороны осла» и закопать его «как мертвую скотину».
В 562/563 г. все тот же Иоанн Эфесский стал ведущим организатором процесса над пятью привезенными в Константинополь жрецами, с которыми были доставлены отнятые у них «идолы» и более двух тысяч книг, преданных сожжению. В 580 г., уже будучи опальным и сам побывав в заключении, он участвовал в скандальном процессе по обвинению в язычестве Григория, Патриарха Антиохийского, и Евлогия, Патриарха Александрийского, которые принесли ночью в жертву мальчика.
