Каждый православный священнослужитель разделял убеждение, что на человека возложено бремя различения добра и зла и задача избрать добро. Без этой нравственной аксиомы библейское понятие греха было бы бессмысленным. Кроме того, различные мыслители считали, что божественный закон выше человеческого, а значит, долг перед совестью важнее слепого послушания царю. По этому поводу недвусмысленно высказывался Иосиф Волоцкий, а также автор (или авторы) «Домостроя», создатели теодицеи Палицын и Тимофеев, церковные реформаторы Вонифатьев, Никон и Неронов, противники церковной реформы Аввакум и старообрядцы. Утверждая, что нельзя подчиняться велению царя, которое противоречит совести, они, по сути, оправдывали право отдельного человека на пассивное сопротивление власти. Более того, самые смелые московские мыслители обосновывали даже активное сопротивление «мучителю». Андрей Курбский, обвинивший Ивана IV в «прокаженной совести» и попрании Божьих законов, участвовал в войне против Москвы. Аввакум намекал на активное сопротивление Алексею Михайловичу, а монахи Соловецкого монастыря обстреливали царские войска, посланные для принудительного проведения литургической реформы. После октября 1670 года Разин и его казаки вели себя так, будто вооруженное сопротивление Алексею оправдано, хотя и прикрывались именем «истинного царевича».
Конечно, прямое сопротивление царю было редкостью. Однако довольно обычной практикой самозащиты были челобитные царю с просьбой изменить политику. Крестьяне и горожане просили о снижении налоговых сборов. Случалось, что духовные лица и бесстрашные бояре советовали царю изменить политику или даже образ поведения. Например, Сильвестр в начале правления Ивана IV советовал ему всегда помнить о спасении, и это наставление какое-то время благотворно действовало на царя. Позднее митрополит Филипп (Колычев) навлек на себя царскую немилость, вступив из-за опричнины в прямое противостояние с Иваном, которое закончилось печально – Филипп был казнен. В XVII веке патриарх Никон принимал непосредственное участие во многих политических вопросах и нередко жаловался царю, что его патриаршая воля нарушается. Когда цари отказывались прислушиваться к разумным советам или становились деспотами, некоторые подданные считали за лучшее бежать из страны. Андрей Курбский бежал в литовские земли, отказал Ивану в подчинении и заявил, что оставаться в России – самоубийство. Крестьяне, бежавшие в свободные казачьи земли от опричнины или от своих господ, следовали не только инстинкту выживания, но и своей совести. Старообрядцы, убегая от царских войск в пустынь, тем самым выражали несогласие с нечестивым правителем. Бегство служило предохранительным клапаном при гнете, но также было проявлением неотъемлемой свободы угнетаемого человека.
Размышляя о пределах свободы в Московском государстве, не стоит забывать, что некоторые мыслители обращались к царю с предложением учиться у «неверных» и даже проявить некоторую степень терпимости к иноверцам. Иван Пересветов рекомендовал Ивану IV подражать мудрости турецких султанов. Лжедмитрий I вроде бы рассуждал о том, что между латинским и греческим христианством, по сути, нет никакой разницы. Казаки Стеньки Разина заключили союз с казанскими мусульманами. Аввакум и Симеон Полоцкий взвешивали возможные выгоды от религиозного сближения разномыслящих групп православных христиан; Аввакум даже ненадолго допускал мысль, что никониане могли бы терпимо относиться к старообрядцам. В целом после взятия Иваном IV Казани все политические и религиозные деятели понимали, что Московское царство не является только православным. С учреждением Казанского приказа даже структура правительства начала отражать религиозное разнообразие государства.
Однако ни бегство от притеснений, ни возможность изложить конкретные жалобы в челобитной государю, ни размышления о веротерпимости, ни религиозное разнообразие не могли послужить созданию прочной институциональной основы для свободы. Таким образом, и в теории, и на практике область свободы в Московском государстве оставалась ограниченной.
