Некоторые источники полагают, что свт. Афанасий на обратном пути принимал участие в Переяславской раде, а потом, до конца февраля, был гостем Б. Хмельницкого. В пути он заболел и остановился в Преображенском Мгарском монастыре города Лубны. 25 февраля его гостеприимно встретила монастырская братия во главе с игуменом Петронием (Левковичем). Жития свидетельствуют, что когда игумен подошел под патриаршее благословение, то измученный тяжелой болезнью Афанасий произнес: «Желает душа моя в этом монастыре грешное мое тело похоронить».
5 апреля 1654 г. святитель отошел к Богу и был погребен в Преображенском храме под амвоном, возле церковных врат, в сидячем положении, как и положено восточным патриархам: тело святого в полном облачении и с посохом в руке было помещено в кресло и опущено в каменную гробницу. За это необычное для России погребение святой и получил впоследствии наименование «Сидящий». Когда через 8 лет после кончины святителя Афанасия вскрыли гробницу, то увидели тело патриарха нетленным, «лишь на правой руке, которая держала посох, не было двух или трех пальцев. Священная одежда с тела сотлела, упала, кресло сгнило. Целыми остались только палица и посох».
1 февраля 1662 г. был совершен соборный чин канонизации святителя Афанасия, патриарха Цареградского, Лубенского чудотворца. Установлено празднование его памяти 2 мая, в день памяти одноименного ему святителя Афанасия Великого, патриарха Александрийского.
Нетленные мощи стали предметом почитания верующими православной Руси. Слава об исцеляющих мощах Афанасия Сидящего распространилась далеко за пределы Лубенщины, и тысячи людей приходили во Мгарский монастырь прикоснуться к мощам в позолоченной гробнице, обильно получая исцеления от недугов.
Так продолжалось до прихода к власти большевиков. В 1922 г. в Лубнах началось изъятие церковных ценностей, и вскоре из Харькова приехал нарком Середа с письмом от Петровского с требованием изъять гроб Афанасия Сидящего, сделанный из чистого серебра, весом в 4 пуда 10 фунтов.
В ответ население не только Лубен и его уезда, но и других районов Полтавщины повалило в монастырь, не давая комиссарам приблизиться к мощам святого, окружив собор живим кольцом в десятки тысяч людей. Церковная служба шла круглосуточно, священники сменяли друг друга через каждые 3–4 часа, а народ ежедневно прибывал. Тогда власти начали в районе монастыря военные учения с пулеметной и артиллерийской стрельбой и криками «ура», прислав до 3 тысяч солдат и курсантов, но и маневры не смогли разогнать народ. Только с началом уборочной страды люди стали расходиться. Монахи сами переложили мощи Афанасия в деревянный гроб, а серебряную раку комиссары отвезли в Харьков. Туда же позже были перенесены и мощи святителя, где они вначале хранились в музее.
С именем свт. Афанасия также связывают чудотворную икону Божией Матери «В скорбех и печалех утешение», посланную после его кончины на Афон, но вновь принесенную в Россию в 1863 г.
Полное именование святого таково: Афанасий III (Пателларий) Сидящий, патриарх Константинопольский (Цареградский), Лубенский и Харьковский чудотворец, святитель.
Непогоды и невзгоды
Два урагана посягали на большой соборный крест Благовещенского собора. В ночь с 1 на 2 июля 1974 г. сильным ураганным ветром крест с колокольни Благовещенского собора сорвало. А через 22 года, в самом конце июля 1996 г., во время урагана его погнуло.
А самый страшный случай произошел 2 июня 1997 г. Летним вечером, как полагают, из-за нарушений правил безопасности при проведении сварочных работ загорелась верхняя часть подкупольного помещения колокольни собора. У прибывших пожарных машин не хватило длины лестниц и водометов (включая длину струй), чтобы достать очаг возгорания. Водометы лишь поливали храм в рамках достижимого, чтобы горящие падающие предметы не привели к новым возгораниям. Несмотря на все материальные и технические трудности, сгоревший купол колокольни был восстановлен, и над собором вновь вознесся огромный крест. При восстановлении купола его высота увеличилась.