В 1920-х храм был захвачен обновленцами, а потом закрыт. Разрушен он не был, однако богоборцы полностью уничтожили внутреннее убранство, разорив дорогую церковную утварь и бесценные иконы и устроив склад боеприпасов.
Осенью 1941 г., когда немецкие войска вошли в Харьков со стороны Холодной Горы, они, осведомленные о боевом складе, подвергли храм обстрелу, но только один снаряд попал в северо-восточный угол храма, причинив незначительные повреждения. В архивах Германии сохранились уникальные авиафотографии: Свято-Иоанно-Усекновенский храм одиноко стоит в зарослях кладбищенских деревьев, без крестов, но дышит величием и красотой.
А в 1943 г., когда город был освобожден от немецко-фашистских захватчиков, в Усекновенском разграбленном храме богослужения возобновились. На купола храма были поставлены деревянные кресты, а из досок и фанеры – собраны иконостасы.
В июле 1970 г. по распоряжению митрополита Харьковского и Богодуховского Никодима (Руснака) вторым священником Свято-Иоанно-Усекновенского храма был назначен о. Ярослав Бовтюк, через полтора года ставший его настоятелем. В 2020 г. прихожане отмечали полвека (!) служения о. Ярослава на этом посту.
Крыша в 70-х годах была дырявой, купола протекали, штукатурка и альфрейная побелка осыпались, стены остались без росписи. Потребовалось немало усилий, чтобы проводить восстановление храма – в тех политических и хозяйственных условиях. Снос городского кладбища тоже принес трудности. Но, как верно высказываются сегодня прихожане, «засыпая плитами, мусором и человеческими костями дорогу к храму, богоборцы не учли одного: тропинку к Богу нельзя засыпать ничем, потому что в сердцах истинно православных людей горит вечный огонь любви к Своему Творцу и погасить его никто не сможет». Художники расписывали стены храма ночью, втайне от властей и сторонних глаз.
В 1987 г. на подворье Свято-Иоанно-Усекновенского храма был построен и освящен по благословению владыки Никодима новый храм в честь преподобного Иова Почаевского (в те годы в Харьковской епархии не было построено ни одного храма и этот был первым). На территории храма поставлен был также крест-памятник в честь 1000-летия Крещения Руси.
Отец Ярослав из полувека пастырского служения сорок лет отдал Иоанно-Усекновенскому храму. В 2005–2006 гг. он был духовником Борисоглебской женской обители в селе Водяном. Той самой, где находится икона Спаса Нерукотворенного, называемого «Харьковский Спас».
Есть при Усекновенском храме детская воскресная школа, православная библиотека с тысячей читателей. Батюшки храма – церковные орденоносцы, не раз удостаивавшиеся высоких наград Церкви.
Весьма торжественно отмечалось в престольный праздник 150-летие храма. На архиерейское богослужение собралось большое количество православных харьковцев. Божественную литургию возглавил митрополит Харьковский и Богодуховский Никодим, произнесший затем архипастырское слово, в котором призвал обратить внимание на высокий подвиг святого Пророка и Крестителя Господня Иоанна, подобным которому стали многие наши современники-новомученики.
Не забываем, что по молитвам нашим святой Иоанн Креститель поможет душам нашим пройти путь посмертных мытарств.
Три десятка лет я перемещался и жил неподалёку от удивительного харьковского храма, который задуман, возведён и освящён в честь вселенских учи́телей и великих наставников православного мира, аскетов, искавших и нашедших удивительные слова для пояснения нам, слабым и непросвещённым, многих вопросов веры, для молитвенных речений, духовных песен, литургий – святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого. Православные Собор трёх святителей отмечают 12 февраля (30 января по ст. ст.).
Непростое это дело – построить храм. Еще более неслучаен выбор имени храма, то есть тот космический внутренний посыл – какому Вселенскому событию храм должен быть посвящён? Как правило, храм называли в честь наиболее почитаемых в данной местности православных праздников или святых, которые наложили наибольший отпечаток на жизнедеятельность местного населения. Выбор мог быть связан, конечно же, и с конкретными людьми, на средства которых возводилась церковь. Так, в Харькове, столице южнорусской Слобожанщины, благодаря провиденциально действующей истории, благодаря необъяснимой связи всего со всем сложилось особое почитание древних подвижников веры, прошедших свой земной путь примерно в одно время: Василия Великого – архиепископа Кесарии Каппадокийской, жившего около 330–379-х гг., учёного, основателя монашеских обителей, помощника страждущих; а также двух константинопольских патриархов – Григория Богослова (около 330–390-х гг.) и красноречивого автора знаменитой Литургии Иоанна Златоустого (нередко говорят Златоуста, что по-гречески звучит как Хризостан; около 350–407 гг.).
