Но вместе с иноком монастыря Святого Мины пошел преп. Никон в году 1054-м искать иное место для молитвенного уединения. Таковым оказался «остров Тмутороканский» – небезызвестная ныне Тмутаракань (Тамань). «Место это, – записал в свое время преподобный Нестор Летописец, – благодатью Божией процвело; великий Никон основал здесь церковь Пресвятой Богородицы, и составился великий монастырь, который и поныне сохраняет сходство с Печерским монастырем».
Авторитет подвижника Никона был высок. Когда Грек убил в 1065 г. князя Ростислава, таманцы просили блаженного Никона отправиться их посланником к князю Святославу в Чернигов, чтобы тот прислал к ним своего сына Глеба на княжение.
Исполнив поручение в Чернигове, преп. Никон посетил Печерскую обитель. Феодосий, на которого он своими руками возложил святой ангельский иноческий образ, а теперь игумен Печерский, «принял Никона с духовной радостью и глубоким уважением; великие подвижники при встрече пали друг другу в ноги, потом обнявшись долго плакали от радости свидания».
Устроив дела своей далекой обители, Никон, по просьбе Феодосия, снова прибыл в Киев. По словам Нестора, когда Феодосий отлучался куда-либо, Никону поручались все братия в ведение. Об истинной любви, душевной простоте и духовной высоте преп. Феодосия говорит такое свидетельство: когда Никон переплетал книги, Феодосий сидел при нем и прял переплетные нитки.
В 1068 г., когда в Киеве начались смуты, окончившиеся изгнанием великого князя Изяслава на период 1073–1077 гг., Никон снова удалился в Тмутаракань, где был принят с почетом князем Глебом, а затем «пользовался благорасположением преемника его Романа Святославича», Глебова брата. Когда же Олег Черниговский убил князя Романа, преп. Никон в 1078 г. снова возвратился в Киево-Печерский монастырь, где братия, учтя его высокий авторитет у преп. Феодосия, поставили молитвенника игуменом.
Это было воистину золотое духоносное время обители. В тот период там подвизались ученики Антония и Феодосия, впоследствии тоже прославленные: Исаакий-затворник, Матфей-прозорливый, Агапит-врач, Григорий-чудотворец. В новых временах мы найдем близкую аналогию в Свято-Введенской Оптиной пустыни, в которой в некоторые периоды одновременно пребывало пять – семь старцев, впоследствии прославленных в Соборе Оптинских старцев.