Вообще преп. Никон с Тмутараканью был тесно связан вплоть до кончины, и поскольку сведения о событиях в ней содержатся в летописи до начала 1094 г., существует устойчивая гипотеза о том, что это именно игумен Никон вел летопись, которая в последующем была продолжена и вошла в состав «Повести временных лет» Нестора Летописца.
Сторонниками гипотезы были А.А. Шахматов, М.Д. Приселков и Д.С. Лихачев. Последний полагал, что отличие труда Никона в том, что он «как историк стоит выше» своих предшественников и современников. Он комментирует записи предшественников, проверяет истинность тех или иных утверждений через другие источники, связывает информацию из разных частей летописи, излагает несколько версий, доказывая одну из них. «Это типичные для античной исторической мысли приемы». По мнению академика Д. Лихачева, благодаря работе Никона «рождается новый жанр, которого не знала византийская литература, – летописание». Считается, что Никон создал так называемый летописный свод 1070-х гг. Называется также дата составления свода – 1073 г.
В летописи игумен описывает топографию Херсонеса, рассказывая о крещении князя Владимира, а также свидетельствует об остатках древних славянских городищ в районе устьев Днестра (города тиверцев и уличей) и Дуная (городок Киевец).
Исследователь М.Н. Крагер считал Никона первым археологом Киева, основываясь на характере его заметок, касающихся событий прошлых веков. Никон в своих путешествиях якобы наблюдал за расположением тех или иных исторических объектов и собирал фольклорные материалы, затем включая в летопись. На основе этих заметок Крагер и другие археологи восстановили очертания Киева X–XI вв.
С 1083 г. под надзором преп. Никона великая Печерская церковь была украшена иконами и мозаикой константинопольскими мастерами, которые прибыли для работ спустя 10 лет после приглашения их начальниками Печерской обители препп. Антонием и Феодосием. «При сем было немало чудес, ибо икона Пресвятой Богородицы в алтаре изобразилась чудесно мусиею (мозаикой.
К мозаикам приложил умение и дар также первый известный русский иконописец Алипий Печерский, тоже святой, почивающий в Ближних пещерах.
Преп. Нестор привел такую историю.
И все-таки игумену Никону приходилось терпеть и немало скорбей от братии, иногда восстававшей с ропотом и негодованием. Игумен же хоть и был строг, иногда побивая провинившихся, но был и отходчив.