В 1914 г. Святейший Синод постановил именовать обретенную икону Зверинецкой. Князем В. Жеваховым был пожертвован драгоценный серебряный оклад, в котором Образ находился над Царскими вратами в храме Рождества Богородицы возрожденного скита на Зверинецких пещерах, куда стекались многочисленные паломники.
После второго разорения скита, в 1934 г., Зверинецкая чудотворная икона исчезла. В ноябре 2000 г. чудесным образом она была вновь обретена и сегодня находится над Царскими вратами Свято-Троицкого храма Ионинского монастыря.
Празднование в честь Зверинецкой чудотворной иконы Божией Матери совершается 26 октября (13 октября по ст. ст.). Каждую пятницу за вечерним богослужением перед чудотворной иконой читается акафист Божией Матери «Радуйся, Невесто неневестная».
Но еще в 1906 г. на Зверинце был обнаружен вход в большую подземную галерею на улице Ломаковской (теперь – ул. Мичурина). Вдоль всего хода длиной почти 60 метров с обеих сторон размещались ниши с погребениями, в некоторых сохранились остатки деревянных гробов.
Очередное важнейшее открытие произошло в октябре 1911 г., и первыми посетителями подземелий вновь стали монахи Свято-Троицкого монастыря. Духовник о. Валентин (Ф.И. Коротенко) задумал сделать обнаруженное подземное кладбище доступным для посещения паломниками. Человеком, который смог бы организовать и финансировать пещерные работы, оказался князь Владимир Давидович Жевахов, чиновник особых поручений при генерал-губернаторе, человек набожный, в будущем священномученик епископ Могилевский Иоасаф, расстрелянный в 1937 г.
1 июня 1912 г. князь Жевахов составил с Крепостным инженерным управлением контракт на арендное содержание этой земли на 6 лет. В пещерах начались археологические раскопки, а сверху было построено двухэтажное здание для скита, с расчетом на будущее возведение храма.
1 декабря 1913 г. была освящена надпещерная церковь Рождества Пресвятой Богородицы, в марте следующего года – придел во имя святителя Иоасафа Белгородского. Похороненные в Зверинецких пещерах были причислены к лику святых. Истории открытия пещер и проведенным в них археологическим работам посвящены книги А. Эртеля «Древняя пещера на Зверинце в Киеве» (1913) и И. Каманина «Зверинецкие пещеры в Киеве (их древность и святость)» (1914).
В январе 1915 г. кн. Жевахов был назначен старостой и попечителем надпещерных храмов на Зверинце, а весной – летом на его средства были проведены работы по укреплению пещерного лабиринта. 10 марта 1917 г. внезапно скончался о. Валентин, и его похоронили в пещерах недалеко от одного из входов, где не было древних захоронений
Историки рассказывают: «6 июня 1918 г. в Киеве случилась одна из наибольших катастроф. С 10 до 12 часа утра произошло пять взрывов на артиллерийских складах, что находились на Зверинце за Братским кладбищем. В результате взрыва в дополнение ко всем разрушениям и пожарам образовались два провала. Один – неподалеку от Зверинецких пещер, второй на противоположном конце плато, возле экономических ворот Свято-Троицкого монастыря. Эти провалы четко указывали на существование здесь подземных ходов. От взрыва сильно пострадала надпещерная церковь. Была снесена крыша, потолок на втором этаже обвалился, повреждены иконостас, иконы, украшения и церковная утварь. Взрыв отразился и на некоторых участках пещер. В 1921 г. возле одного из входов в пещеры в склепе был похоронен по собственному завещанию историк, палеограф и архивист Иван Михайлович Каманин. Склеп его углублен в холм, одна стена, выложенная кирпичом, расположена прямо в пещере».
Монастырь был частично восстановлен в качестве скита Ионинского монастыря в 1912 г. В новообразованном Зверинецком скиту была выстроена церковь Рождества Богородицы. Невзирая на начавшийся безбожный период, скит продолжал жить. Однако в 1933 г. был убит его настоятель архимандрит Филарет, через год Зверинецкий скит был закрыт, а храм взорван.
В 1969 г. постановлением Совета министров УССР Зверинецким пещерам был присвоен статус памятника археологии. Благодаря этому через двадцать лет, в 1988 г., общественности удалось предотвратить строительство на Зверинце высотного здания.
В 1990-х пещеры были вскрыты сотрудниками общества «Киев подземный». По данным инструментальных исследований общая длина пещер в Зверинецкой горе превышает полтора километра, что больше, чем совокупная длина Ближних и Дальних пещер Киево-Печерской лавры. Пещеры Зверинецкого монастыря теперь являются памятником археологии национального значения. Открыто для обозрения 150 метров пещер.
В конце 1990-х иноками Ионинского монастыря были возобновлены богослужения в пещерном храме св. Архангела Михаила. Над одним из входов в пещеры возведена церковь Всех Зверинецких святых. А в девяти метрах от входа в пещеры построена скитская церковь Рождества Богородицы.
