Однако, учитывая произошедшие взрывы на Крещатике и зная об активности советских военных специалистов в «музейном городке» накануне ухода из Киева, работники музея продолжали поиски мин. В октябре 1941 г. директор музейного городка Н. Черногубов высказал оккупационной власти соображение, что Успенский собор заминирован и следует отменить готовившийся торжественный молебен «на освобождение от большевиков». Молебен не состоялся.
На уровне бургомистра было известно и о листовках подполья с угрозами взорвать лавру. Однако немцы заявляли, что в лавре все разминировано и что листовками террористы нагнетают обстановку.
В конце октября 1941 г. в разные дни были убиты в лавре неизвестными лицами специалисты, хорошо знавшие устройство и коммуникации лавры: тот же профессор Черногубов и инженер музейного городка Шеверницкий. Немцы публично объявили их жертвами «партизан-большевиков».
Более подробная хроника страшного дня такова. 3 ноября 1941 г., в понедельник, Киев посетил президент союзной немцам Словакии Йозеф Тисо. Примерно в 11 ч. 30 мин. Тисо и группа немецких генералов, среди которых был и комендант города генерал-майор Эбергард, на трех машинах подъехали к главным воротам лавры. Около 11.40 Тисо вместе с сопровождающими вошли в Успенский собор, осмотрели достопримечательности и в 12.30 уехали. Визит сняла словацкая кинохроника.
Спустя почти два часа после отъезда делегации внутри храма произошел небольшой взрыв. Три выбежавших оттуда неизвестных были застрелены немецкими часовыми. Через несколько минут, примерно в 14.30, внутри собора произошел мощный взрыв, который разрушил здание, за исключением юго-восточного придела Иоанна Богослова, XVIII в.
О количестве взрывов есть разные версии: называют цифры от двух до четырех. «Первые три взрыва показались нам тогда игрушками, а вот в четвертый раз уж дало, так дало! Можно только представить, сколько надо было взрывчатки завести грузовиками под собор… Территория лавры оказалась усеяна кусками мозаик, фресок, алтарной резьбы», – вспоминал очевидец.
«В Успенском соборе хранилось много старинных рукописей и книг, и теперь ветер разносил их горящие листы и разодранные фолианты с медными застежками – огненным дождем они сыпались на землю. И загорелось все – Трапезная церковь, Архиерейский дом в стиле барокко, древняя типография, все музеи, библиотеки, архивы, даже колокольня. С Подола было видно, как все ее пролеты светятся ярким оранжевым светом, словно она иллюминирована…»
90-метровая колокольня лавры являлась отличным наблюдательным пунктом и была заминирована отступающими советскими войсками. Немецкие саперы разминировали колокольню, но она загорелась от горящих обломков взорванного собора.
Оккупационная полиция безопасности высказалась так: «Масса взрывчатого вещества, по всей вероятности, была заложена еще раньше. Только благодаря заботливому оцеплению и тщательной охране всего здания, взрывы не произошли раньше. Очевидно, речь идет о покушении на особу президента Тисо».
Споры относительно авторов преступного замысла и непосредственных исполнителей взрыва не утихают до сих пор. Можно выделить несколько основных версий.
Советская: минирование и взрыв Успенского собора – преступление немецких оккупантов. Из материалов Нюрнбергского процесса: «По приказу немецкого командования воинские части ограбили, взорвали и разрушили древнейший памятник культуры – Киево-Печерскую лавру… Успенский собор, построенный в 1075–1089 гг. великим князем Святославом и расписанный внутри в 1897 г. известным художником В.В. Верещагиным, 3 ноября 1941 г. взорван немцами…» (В.М. Молотов, заместитель председателя Государственного комитета обороны СССР); «Я позволю себе специально обратить внимание Суда на то, что Киево-Печерская лавра – это один из древнейших архитектурных памятников Советского Союза, это особо охраняемая культурная ценность, близкая сердцу советских людей, ибо это вещественная память древности» (Р.А. Руденко, главный обвинитель на Нюрнбергском процессе от СССР).