Одним из результатов Эдикта о веротерпимости стал быстрый рост числа исповедующих протестантов в королевстве: с 74 000 в 1781 году до 157 000 в 1786 году. Свободомыслие росло, но оставалось ограниченным частными кругами. Масоны, давно обосновавшиеся в Австрии, организовали в Вене (1781) ложу, в которую вступили многие видные граждане, и (несмотря на ее неявный деизм) ей покровительствовал сам император. «Целью общества, — говорил один из его членов, — было осуществление свободы совести и мысли, столь счастливо поощряемой правительством, и борьба с суеверием и фанатизмом в… монашеских орденах, которые являются главной опорой этих зол».67 Масонские ложи размножились до восьми только в Вене; вступать в них стало модно; масонские эмблемы носили представители обоих полов; Моцарт написал музыку для масонских церемоний. Со временем Иосиф заподозрил ложи в политическом заговоре; в 1785 году он приказал венским ложам объединиться в две и разрешил только одну ложу в каждой провинциальной столице.
Иосиф назначил комиссию для пересмотра цензурных законов, а в 1782 году обнародовал ее результаты в новом кодексе. Книги, систематически нападающие на христианство или содержащие «безнравственные высказывания и нечистые непристойности», были запрещены; но также запрещались и книги, «содержащие баснословные чудеса, явления, откровения и тому подобные вещи, которые могут привести простого человека к суеверию [и] вызвать отвращение у ученых».68 Критические статьи и пародии разрешались, даже если в них содержались нападки на императора, но они должны были содержать настоящее имя автора и подпадали под действие закона о клевете. Книги, внесенные в римский Index Librorum Prohibitorum, должны были быть открыты для использования учеными в библиотеках. Научные труды должны были быть полностью освобождены от цензуры; также как и научные труды, если какой-либо признанный авторитет ручался за их научный характер. Книги на иностранных языках можно было беспрепятственно ввозить и продавать. Академическая свобода была расширена. Когда четырнадцать студентов Инсбрукского университета донесли властям на своего преподавателя за утверждение, что мир старше шести тысяч лет, Иосиф решил вопрос в упрощенном порядке: «Четырнадцать студентов должны быть уволены, ибо такие бедные головы, как у них, не могут извлечь пользу из образования».69-Новые правила вызвали возмущенные протесты иерархии; в ответ Иосиф разрешил Вене полную свободу публикаций (1787). Еще до этой свободы венские печатники воспользовались слабым соблюдением кодекса 1782 года: памфлеты, книги и журналы наводнили Австрию полуобсценной литературой, «откровениями» монахинь, нападками на католическую церковь или на само христианство.
Иосиф считал, что должен регулировать и церковные дела. 29 ноября 1781 года он издал указ о закрытии большого количества монастырей и женских обителей, в которых «не работают школы, не ухаживают за больными и не занимаются учебой». Из 2163 религиозных домов в германских владениях (Австрия, Штирия, Каринтия, Карниола) было закрыто 413; из 65 000 их обитательниц 27 000 были освобождены с выплатой пенсий; аналогичное сокращение было проведено в Богемии и Венгрии. «Монархия», — сказал Иосиф, — «слишком бедна и отстала, чтобы позволить себе роскошь содержать бездельников».70 Богатство ликвидированных учреждений — на сумму около шестидесяти миллионов гульденов — было объявлено народным достоянием и конфисковано государством. Уцелевшие монастыри были объявлены не имеющими права наследования имущества. Орденам святых было предписано прекратить попрошайничество и запрещено принимать послушников. Религиозные братства были упразднены. Все церковные владения должны были быть зарегистрированы правительством, которое запрещало их продажу, отчуждение или обмен.
Иосиф приступил к передаче католического епископата под контроль государства. От новых епископов требовалось принести клятву послушания светским властям. Ни одно папское постановление или декрет не должны были иметь силу в Австрии без разрешения правительства. Папские буллы 1362 и 1713 годов, осуждающие еретиков или янсенистов, должны были игнорироваться. С другой стороны, Иосиф организовывал новые приходы, строил новые церкви и выделял стипендии для поддержки кандидатов в священники. Он открыл новые семинарии и разработал для них учебную программу, в которой особое внимание уделялось науке и светским знаниям, а также богословию и литургии.
