3 сентября было подписано перемирие с США и Великобританией, главным условием которого была выдача Муссолини. А 8 сентября было официально объявлено о выходе Италии из войны. Но главное условие выполнить не удалось – дуче, которого держали в Апеннинских горах, был освобожден немецкими десантниками и доставлен в Германию. После операции «Хаски» и бомбардировки Рима немцы оккупировали северную и центральную часть Италии. Итальянские солдаты были дезориентированы, ведь теперь им приходилось отражать удары немецких войск и нападать на бывшего союзника.
Для короля весть о перемирии оказалась неожиданной. Чтобы не попасть в руки немцев, Виктор Эммануил III с женой ночью бежали из Рима в южный город Бриндизи, уже свободный от нацистов. Отдохнув там один день, королевская чета продолжила побег в город Ортона в регионе Абруццо. Для защиты Рима Виктор Эммануил III оставил своего зятя графа Берголо, мужа его старшей дочери Иоланды. После бегства короля последовали жесткие репрессии со стороны немцев в отношении итальянских солдат. Самым кровавым событием того времени является резня воинов на острове Кефалония.
Правительство Италии официально обосновалось в Бриндизи. 13 октября Виктор Эммануил III объявил войну Третьему рейху в союзе с Великобританией и США. Армия была реорганизована, но королю пришлось столкнуться с оппозицией. Подданные уговаривали Виктора Эммануила отречься от престола, но он не поддавался уговорам. 5 июня 1944 года государь назначил своего сына Умберто лейтенантом королевства, практически передав ему бразды правления. Но при этом он не отрекся от престола.
Тем временем Муссолини вернулся в Италию в сентябре 1944 года под покровительством Гитлера и создал в Ломбардии Итальянскую социальную республику. Страна как бы раскололась на две части: Южная монархия и Северная республика. Дуче вновь сформировал фашистскую партию и назначил Военный трибунал, который предавал смертной казни всех противников фашизма. Сам Муссолини поселился с женой Ракель и детьми на озере Гарда, а недалеко от них поселилась его любовница Клара Петаччи. Теперь Бенито был обычной марионеткой Гитлера и выполнял все, что от него требовали немцы.
Такой раскол государства продолжался до 25 апреля 1945 года, пока Италия не была полностью освобождена союзниками от нацистов. С тех пор день 25 апреля является национальным праздником – Днем освобождения Италии. После этого Муссолини, его любовница Клара Петаччи и сподвижники сбежали на озеро Комо, чтобы оттуда небольшим отрядом перебраться в Швейцарию. Ракель Муссолини и дети в это время не находились с дуче, они бежали из Италии в Швейцарию после полного окончания Второй мировой войны.
Там Ракель была арестована итальянскими партизанами и передана американцам. Но через несколько месяцев она была освобождена. У Ракель с Бенито было три сына и две дочери. Один из сыновей, Романо, женился на младшей сестре Софи Лорен Анне Марии Шикколоне. Их дочь Александра Муссолини, внучка дуче, является сейчас известным политиком и ее часто показывают по итальянскому телевидению.
Самого Бенито Муссолини и Клару Петаччи постигла ужасная участь. В ночь с 26 на 27 апреля 1945 года они примкнули к отряду из 200 немцев, чтобы перейти границу со Швейцарией. Но их остановили итальянские партизаны, пропустившие только немцев. Один из немцев, чтобы спасти дуче, выдал ему форму унтер-офицера немецкой армии и велел им с Кларой спрятаться в грузовике.
Но партизаны осмотрели все машины и узнали Бенито. Муссолини с Кларой привезли в крестьянский дом, где они провели всю ночь. А на следующий день, 28 апреля 1945 года, дуче и Клару забрал из рук партизан отряд полковника Валерио Аудизио. В тот же день в 16.10 они были расстреляны около деревни Меццерга. Затем мертвые тела Муссолини и его любовницы перевезли в Милан и подвесили за ноги на площади Лорето вместе с трупами других фашистских лидеров. Лицо дуче было обезображено до неузнаваемости.
В Италии многие осуждали Виктора Эммануила III за связь с Муссолини и фашистами. Итальянский историк Бенедетто Кроче писал: «Пока нынешний король остается во главе государства, мы чувствуем, что с фашизмом не покончено». И хотя с 5 июня 1944 года его сын Умберто выполнял обязанности государя в Квиринале, Виктор Эммануил все еще был королем Италии. Они с Еленой перебрались в Салерно, где король снял свой любимый военный мундир и ходил теперь в штатском. Практически правление в стране становилось все больше республиканским.
Видя такую ситуацию и отчаянно пытаясь спасти монархию, Виктор Эммануил III 9 мая 1946 года отказался от престола в пользу сына Умберто. Но было уже поздно. 2 июня 1946 года состоялся институциональный референдум, в котором впервые участвовали женщины. Из статистики голосования известно, что в нем принимали участие 13 000 000 женщин и 12 000 000 мужчин. Результаты были объявлены 10 июня: 12 717 923 голоса за республику и 10 719 284 за монархию – меньшинство.