Кульминацией обострения отношений между королем Савойским и Бенито Муссолини стало звание Первого маршала Италии, присвоенное как королю, так и дуче за победу в войне с Эфиопией. Этот акт был одобрен палатой депутатов и встречен громкими аплодисментами. При этом к Виктору Эммануилу III было проявлено чисто формальное уважение, что очень оскорбило государя. На частной встрече с Муссолини король заявил, что лучше отречение от престола, чем такое оскорбление.
Фашистская Италия и нацистская Германия значительно сблизились за эти годы. 22 мая 1939 года обе стороны подписали «Стальной пакт» о дружбе. А 1 сентября 1939 года Германия напала на Польшу и началась Вторая мировая война. Виктор Эммануил III выразил свое мнение против нового конфликта, потому что он всегда был на стороне Великобритании и ненавидел нацистскую Германию. Кроме того, король знал о неготовности своих войск к боевым действиям. Виктор Эммануил даже предпринял попытку свергнуть Муссолини и поставить во главе правительства министра иностранных дел Джан Галеаццо Чиано. Но тот отказался, и попытка не удалась.
Его жена Елена Черногорская пыталась предотвратить вступление Италии в войну. Для этого они писала письма государям шести нейтральных стран: Дании, Нидерландов, Люксембурга, Бельгии, Югославии и Болгарии и старалась убедить их тоже не вступать в войну, так как это «ужасная трагедия для всей Европы». Но ее попытки не увенчались успехом, тем не менее она всегда была и оставалась на стороне своего любимого мужа.
Италия вступила в войну в 1940 году, когда 10 июня Виктор Эммануил III под давлением Муссолини подписал объявление войны Франции и Великобритании, встав на сторону Германии. Но неудачные попытки напасть на Грецию, эфемерные успехи в Египте, морские поражения у города Таранто и мыса Матапан и потеря некоторых колоний в Восточной Африке сразу же выявили слабость и плохую подготовку итальянской армии для такой серьезной войны. Виктору Эммануилу III совсем не нравилась военная ситуация и все большее подчинение итальянский войск интересам Германии.
В 1942 году поражение во второй битве при Эль-Аламейне привело к полной потере итальянских колоний в Восточной Африке. А в июле 1943 года произошла операция «Хаски» – высадка десантников союзных войск на Сицилии с целью уничтожить Королевство Италия. В ней приняли участие два крупнейших подразделения: 7-я армия США под командованием генерала Джорджа Смита Паттона и 8-я британская армия под командованием генерала Бернарда Лоу Монтгомери. С тех пор начались систематические бомбардировки некоторых итальянских городов.
За полтора года до этого, в декабре 1941 года, после поражения немцев под Москвой, советские войска перешли в широкомасштабное контрнаступление и начали гнать немцев с территории Советского Союза. США и Великобритания заявили о своей поддержке СССР, и 1 января 1942 года представители Большой четверки: США, СССР, Великобритания и Китай – подписали Декларацию Объединенных Наций. Тем самым они положили начало антигитлеровской коалиции, к которой впоследствии присоединились еще 22 страны. Планы Гитлера на гегемонию в Европе провалились.
Начиная с 15 февраля 1942 года итальянские войска прибывали в Россию для поддержки немецкой армии. Всего за пять месяцев было отправлено около 160 000 итальянских солдат. Однако это не помогло немецким солдатам победить в войне. Сталинградская битва 2 февраля 1943 года оказалась решающий в ходе русской кампании и повлияла на исход мировой войны в целом. Фронт повернулся в другую сторону, и Советская армия начала решительно вытеснять немцев и итальянцев из своей страны. А в первой половине 1944 года русские войска перешли границу и вступили на территорию Румынии.
Эти события подтолкнули к тому, что в июле 1943 года в Италии Большой совет проголосовал против Муссолини. Виктор Эммануил III уволил дуче и приказал поместить его под стражу. Это произошло сразу после саммита Гитлера и Муссолини 22 июля 1943 года и последующей бомбардировки Рима. На место дуче Виктор Эммануил III назначил Пьетро Бадольдо, которому предстояла трудная задача по разработке стратегии выхода из войны. Уже с июня король начал налаживать контакты с представителями антифашистов напрямую или через своих министров.
Внутренние условия не позволяли продолжать войну на стороне Германии, поэтому нужно было искать пути заключения перемирия с союзниками. Тем временем немецкая армия в соответствии с предыдущими договоренностями усиливала свое присутствие в Италии и направила военные действия против итальянских войск и местного населения. Также участились грабежи и вывоз из страны ценных произведений искусства, которых в Италии находится больше, чем в любой другой стране Европы. Итальянское правительство объявило о продолжении войны, но вступило в переговоры с союзниками.
