Отделение военного контроля Оперода 24 августа 1918 г. представило заведующему отделом проект декрета о борьбе со шпионажем. Одним из острых вопросов была возможность доверить контрразведку военспецам. В сопроводительном документе отмечалось: «Представляя при сем проект Декрета о борьбе со шпионством, сообщаю, что до проведения этого Декрета было бы необходимо издать приказ о реорганизации всех отделений регистрационной службы в том направлении, чтобы во главе отделений стояли партийные товарищи, а при них военные консультанты, в противном случае в руки офицеров Генштаба будет дано такое сильное оружие, как право на обыск и арест»[1062]. Ознакомившись с этой идеей, Теодори не смог удержаться от язвительного комментария: «Старая песня! Не приемлема[1063], ибо избавит специалистов от ответственности; а отсутствие ответственности и самостоятельности всегда вело к параличу работы. Согласен лишь в силу политических условий момента. 27/VIII-[19]18. Теодори»[1064].
Зарождавшиеся органы военного контроля смогли предотвратить ряд заговоров в РККА. В частности, эсеровский заговор в 4-й армии Восточного фронта, которым руководили командир 1-го Саратовского кавалерийского полка Бредихин и работник штаба армии Д.Е. Буренин. И.С. Кутяков вспоминал: «Начальник штаба 4-й армии штаб[с]-ротмистр Буренин являлся шпионом, который как бы по своей наивности передал все оперативные приказы, планы и решения в незашифрованном виде в г. Саратов, тем самым давал возможность противнику заранее знать наши действия, а следовательно, и принимать соответствующие меры к парированию наших ударов. Примером служит уже то, что рейд п[олковни]ка [М.Ф.] Мартынова на тыл нашей армии и захват бронемашин случайным считать нельзя»[1065]. Однако подобные успехи были нечастым явлением, а кадры контрразведчиков на местах оставляли желать лучшего. Например, в военном контроле советского Южного фронта работали кокаинисты, расхитители имущества, мародеры. Начальником военного контроля фронта оказался совершенно случайный человек – Е.А. Трифонов, слесарь с низшим техническим образованием, подобравший себе, непонятно по какому принципу, более 250 сотрудников[1066]. Трифонов впоследствии обвинялся в должностных преступлениях, а следствие по его делу велось в РВСР.
Осенью 1918 г. военная контрразведка оказалась влита в РВСР. Тем не менее независимость военной контрразведки, нахождение в ее руководстве военспецов на фоне все возрастающих измен бывших офицеров, служивших в Красной армии, вызывали беспокойство большевистского руководства[1067].
Г.И. Теодори отстаивал сохранение контрразведки в военном ведомстве (в составе РВСР), но верх, как известно, одержали сторонники подчинения этого органа ВЧК. Подчинение это выразилось в создании Особого отдела ВЧК[1068]. В связи с борьбой за ведомственную принадлежность Особого отдела 28 декабря 1918 г. консультанты Полевого штаба РВСР Теодори и его однокашник по академии И.Д. Чинтулов телеграфировали Троцкому: «Подписанный Вами 26-го декабря проект Особого отдела был переделан под давлением Вацетиса и Кедрова Араловым, но ни мне, ни Штейнгордту[1069], ни Чинтулову[1070] не показан. Этот проект целиком противоречит задачам контроля, а с утверждением 23-го декабря военной цензуры[1071], подчиненной на местах военному контролю, ныне упраздняемому, создается ряд противоречий. Произошло это потому, что никаких общих комиссий не было. Если Вами доклады и схема работ, сделанных военным контролем, прочитаны, и Вы принципиально согласны за сохранение в целом уже проводимой в жизнь военной системы, то просим приостановить телеграфно действие только что утвержденного положения до Вашего приезда и рассмотрения задач контроля под Вашим председательством. Обстановка для работы создается невозможная, ибо спутаны все права, все законоположения, все обязанности. После восьми месяцев работа вся вновь свалена. О последующем не откажите уведомить. 28-го декабря. № 635. Теодори – Чинтулов»[1072].