Первым председателем Особого отдела стал старый большевик, друг В.И. Ленина М.С. Кедров. Назначение это было не случайным и свидетельствовало о том, какую важную роль придавал новому органу большевистский лидер. Однако Кедров, не имевший никакой подготовки к порученной работе, оказался не на высоте. Вместо организационной и административной работы он предпочитал лично участвовать в арестах, обысках и допросах. Председатель РВСР Л.Д. Троцкий обоснованно обвинял Кедрова в самоуправстве, арестах ответственных военных деятелей без согласия и даже уведомления РВСР и дезорганизаторских действиях, причем подобным волюнтаризмом Кедров славился еще в 1918 г.[1078] Ситуацию усугубляло то, что Кедров стремился к самостоятельности в рамках как военного ведомства, так и ВЧК, конфликтовал не только с Троцким, но и с председателем ВЧК Дзержинским. В итоге 18 августа 1919 г. Кедров был заменен Дзержинским[1079]. В 1920 г. отдел возглавил В.Р. Менжинский. Видную роль в нем играл и бывший прапорщик И.П. Павлуновский, ставший при Дзержинском заместителем начальника Особого отдела ВЧК.
Интересно, что Особые отделы и органы военного контроля занимались не только контрразведывательной деятельностью, но и разведкой (например, на территорию Персии в 1919 г. забрасывались агенты Особого отдела штаба Закаспийского фронта и закаспийского бюро военного контроля[1080]), что отражало недостаточную степень разделения этих направлений в период Гражданской войны[1081].
Советская контрразведка и другие спецслужбы постепенно приобретали опыт и добивались значительных успехов. Расцвет контрразведки был связан с приходом в руководство Особого отдела ВЧК, а затем контрразведывательного отдела ГПУ-ОГПУ (выделен в 1922 г. из Особого отдела) А.Х. Артузова (Фраучи) – племянника высокопоставленных большевистских работников М.С. Кедрова и Н.И. Подвойского. Высокое родство сыграло свою роль в стремительном карьерном росте Артузова (первоначально в ноябре 1918 – январе 1919 г. он оказался на службе в отделе военного контроля Реввоенсовета Республики, где, видимо, не столько занимался контрразведкой, сколько помогал своему дяде Кедрову в борьбе с этим конкурирующим органом), однако он обнаружил и большие способности в сфере разведки и контрразведки, далеко превзойдя действовавшего примитивными методами Кедрова.
Именно Артузов, занявший в 1921 г. пост заместителя начальника Особого отдела ВЧК, руководил борьбой с польской военной разведкой – главным и наиболее серьезным противником советских контрразведчиков в тот период. Летом 1920 г. в Москве был захвачен резидент польской разведки поручик И. Добржинский, который выдал более десяти своих агентов[1082]. Разумеется, часть из них была принуждена к сотрудничеству с ВЧК. В результате операции было предупреждено убийство поляками командующего советским Западным фронтом М.Н. Тухачевского. В ходе дальнейшей оперативной игры были ликвидированы несколько групп польских агентов, заброшенных на советскую территорию осенью 1920 г., затем уничтожена польская агентурная сеть на Украине. За ликвидацию польских шпионов Артузов был награжден орденом Красного Знамени.
Операции стали отличаться значительной дерзостью и решительностью, возросли профессионализм и оперативное искусство их организаторов. В то же время, как и ранее, чекисты предпочитали действовать на упреждение, провоцируя и устраняя реальных и потенциальных противников режима, практиковались террористические методы, стали применяться убийства оппонентов за пределами Советской России. В начале февраля 1921 г. в результате совместной операции военной разведки и ВЧК группой наемных боевиков в Западном Китае был убит атаман Оренбургского казачьего войска генерал-лейтенант А.И. Дутов, готовивший вторжение на советскую территорию[1083]. Была предпринята не увенчавшаяся успехом попытка уничтожить и наиболее авторитетного руководителя белой военной эмиграции – главнокомандующего Русской армией генерал-лейтенанта П.Н. Врангеля. 15 октября 1921 г. итальянский пароход «Адриа», совершавший рейсы в Советскую Россию, протаранил яхту Врангеля «Лукулл» на Босфоре как раз в районе каюты генерала. По случайности Врангель тогда на судне отсутствовал (уехал за час до происшествия) и не пострадал[1084].