При первом взгляде на это дело, покажется не совсем понятным, почему Москва препятствовала основанию особой Псковской епархии и тем сама поддерживала связи Пскова с Новгородом; тогда как, по-видимому, в ее интересе было еще более разъединить, чтобы тем легче подчинить «обе и тот, и другой. Но, кроме действительного опасения нарушить церковную старину, к которой Москва относилась с большим уважением, тут могли участвовать и тонкие политические расчеты. Во-первых, одновременно со стремлением Пскова к церковному обособлению от Новгородского владыки шло стремление Новгорода к таковому же обособлению от Московского митрополита. Следовательно, противодействуя последнему, Московское правительство считало неудобным покровительствовать первому; чем могло бы возбудить еще большее ожесточение против себя в Новгороде и побудить его к более решительному сближению с Литвой (и пожалуй, с Киево-Литовским митрополитом); тогда как поддерживая архиепископа в этом деле, оно, наоборот, парализовало его усердие в политической борьбе Новгорода с Москвой. А во-вторых, частые распри Псковичей с Новгородским владыкой немало мешали взаимной дружбе и согласию этих вечевых общин; поэтому Москва не имела оснований опасаться тесного политического союза между ними. Вообще она находила более удобным для себя и менее рискованным оставить церковные отношения в прежнем виде вперед до полного подчинения себе и Новгорода, и Пскова. Кроме того, во время ходатайства Псковичей в Москве об отдельном епископе, Новгородцы со своей стороны хлопотали в противном смысле; они даже не хотели пропускать через свою землю псковских послов, отправлявшихся в Москву; а владыка Иона прислал митрополиту грамоту с жалобой на непокорство своей псковской паствы. Разумеется, эти хлопоты сопровождались и приличными дарами.
Неимение собственного епископа отразилось неустройствами в среде псковского духовенства и наложило вообще на Псковскую церковь особую печать сравнительно с другими русскими областями. Лишенное непосредственного епископского надзора, здесь духовенство усвоило себе некоторые мирские привычки и менее строгие нравы. Миряне со своей стороны оказывали ему менее уважения и все более и более стали вмешиваться в церковные дела, особенно захватывали в свои руки хозяйственную сторону, т. е. ведение церковным имуществом; сам владычний наместник был не только Псковитин, но и лицо гражданское, а не духовное. Вече Псковское также стало присваивать себе высшее решение разных церковных вопросов и старалось подвергать духовенство повинностям и налогам наравне с другими сословиями. Рядом с тем в Псковском обществе, мирском и духовном, развилось большое свободомыслие, чем где-либо на Руси; что и не замедлило еще в XIV веке сказаться знаменитой ересью Стригольников (о которой после). Духовенство со своей стороны, чтобы поставить некоторую преграду вмешательству мирских властей в церковные дела, пыталось несколько теснее сплотиться, т. е. образовать из себя лучше организованные общины или союзы, и обратилось к учреждению соборов. Для этого несколько церквей и монастырей соединялись в одну общину и примыкали к какому-либо значительному храму, который получал название соборного. Древнейший такой собор был Троицкий. Вскоре после Болотовского договора учрежден второй собор при церкви св. Софии; а потом в течение XV века один за другим возникли еще четыре собора (Никольский, Спасский, Похвалы пресв. Богородицы и Входоиерусалимский); итого шесть соборов, между которыми и было распределено все духовенство как белое, так и черное. Соборные храмы отличались от простых тем, что служба в них совершалась повседневно. Внутренняя организация этих соборных общин была подражанием все тем же мирским общинам, каковы концы, улицы и сотни; они имели своих выборных старост, которые заведовали их текущими делами, отстаивали их интересы перед мирскими властями, сносились за них с владычным наместником, наблюдали за исправным взносом владычных повинностей и т. д. Таким образом Псковская церковь все более и более получала демократический характер, и притом с оттенком пресвитерьянским.