Оппозиция, включающая Партию демократов и Партию Исламского Возрождения, получила более 30 % голосов, однако Набиев отказался предоставить ее представителям министерские посты в своем правительстве или каким-либо другим способом разделить с ними власть. Не к чести Набиева будет сказано, что родом он был из Худжанда, что на севере страны, региона, откуда набирались практически все коммунистические лидеры. Таджикистан представляет собой сообщество резко разграниченных кланов, поэтому люди из обычных регионов почувствовали себя ущемленными. Репутации Набиева отнюдь не способствовал и ряд вредных привычек, укоренившихся в нем еще с советских времен: он много курил и выпивал, опаздывал на работу и сразу после обеда уходил домой. Когда весной 1992 г. тысячи граждан вышли на улицы столицы с массовыми демонстрациями, он ничего предпринимать не стал. Только в начале мая сделал первую попытку вмешаться и остановить протесты силой, но было уже слишком поздно. В июне он сформировал коалиционное правительство с целью смягчить противоборствующие стороны, однако это продлилось недолго, а затем борьба обострилась вновь. Грубо говоря, страна разделилась на четыре фронта: в Худжанде на севере сидели сторонники Набиева; в Душанбе и окрестностях доминировал альянс противостояния Набиеву, созданный Партией Возрождения Ислама и сторонниками демократов; Куляб на юго-востоке заняли приверженцы Набиева; и, наконец, юго-западный фронт с штаб-квартирой в Кургантепе по большей части поддерживал исламистов. Кроме этого можно еще отметить бедный малонаселенный регион Памира, где исламисты также встретили немалую поддержку.
7 сентября 1992 г. Набиев был захвачен в заложники оппозицией, вынудившей его подать в отставку. Той же осенью председателем Верховного Совета был назначен Эмомали Рахмон. Благодаря военной поддержке из Узбекистана, где правительство не желало прихода исламистов к власти в соседней стране, Рахмону вместе с коммунистами удалось получить контроль над Душанбе и Кургантепом. Во время проведения боевых действий десятки тысяч людей были убиты или вынуждены бежать.
Вновь захватив власть в большей части страны, правительство Рахмона решило пойти путем мести, а отнюдь не примирения со старыми кланами. Месть была направлена в основном на людей из региона Гарм, что в самом центре Таджикистана, а также в область Памира на востоке. В обоих этих регионах народ всем сердцем поддерживал оппозицию. Весной 1993 г. с молчаливого согласия властей различные военные группировки производили систематические чистки людей из Гарма и Памира, уничтожив более тысячи. В итоге более 200 000 человек оттуда бежали на восток, обратно в горы. Немало было и тех, кто нашел убежище на афганской стороне границы, где они получили практическую помощь и моральную поддержку талибов для продолжения сопротивления. Тогда же значительно вырос уровень контрабанды опиума из Афганистана, который, по оценкам, превысил 2000 %.
И хотя период ожесточенных боев был уже завершен, мир в Таджикистане еще не наступил. Как только на Памире растаял снег, исламистские повстанцы продолжили атаковать форпосты и российские военные объекты вдоль границы. Одну-две бомбы сбросили даже на Душанбе. Чтобы достичь мирного соглашения между сторонами, ООН, Россия и среднеазиатские соседи в течение многих лет пытались вести переговоры, но им не суждено было увенчаться успехом до тех пор, пока осенью 1996 г. талибы не пришли к власти в Кабуле. Таджикистан – важный буфер между Россией и Афганистаном, и русские любой ценой будут пытаться избегать влияния талибов на таджикской стороне границы. Не желая распространения Талибана в Таджикистане и для заключения мирного соглашения с исламской оппозицией в Памире, соседними странами Центральной Азии и был приглашен Рахмон.
В 1997 г., находясь под сильным давлением, Рахмон пришел к согласию с главой Исламского движения Саидом Абдуллой Нури. 1 июля 1997 г. был подписан мирный договор. Рахмон пообещал выделить оппозиции по меньшей мере 30 % парламентских мест, а также несколько важных министерских постов. Это обещание постепенно растворилось в воздухе: сегодня у оппозиции нет ни одного министерского поста, а Партия Возрождения Ислама занимает всего лишь два из 63 парламентских мест. Сегодня члены парламента не оказывают никакого серьезного влияния, и в последние годы все большее число решений кладут на стол президента.
Больше всего во время гражданской войны пострадал Кургантеп, где были убиты тысячи людей и в руинах лежали целые кварталы. В наши дни, насколько видит глаз, здесь нет никаких следов войны, ни единого памятника, везде простираются лишь свежевыкрашенные четырехэтажные советские постройки.
Но тем не менее о войне здесь напоминает все.
– Гражданская война – это самое страшное, что только можно себе представить, – поделился своим мнением карикатурист.